圣祖康熙元年（永历一六年、一六六二），鲁王在金门（海东逸史）。
正月初八日，匡城外屋，王令要六千间。水部门城边起至路通桥共一千三百间，内空地千余间；不足。二十日，复匡荷宅、柳宅、金墩下、郑道窟、打铁墩等处复千余间；又不足。将村边田园百余亩尽填作地起盖，又不足。复自半洋起至东门河港浦下止，洋中之田量二百余亩作地起盖。所匡屋给银大间八两、中间六两、小间四两，每亩三两。即日逐民离屋别住，与左右两镇兵住。城内住兵名曰「包」，城外住兵名曰「镇」。经院巷与妓女住，开元寺前戏子住，龙山巷与打花鼓人住，各千余人。
王兵家眷搬至本年正月未尽；盖实兵有六千人，而门下作买卖者十余万，往来船只，民间寸步难行。复于各乡取正舵工；乡间人未必能使船，每名折银五两（以上榕城纪闻）。
四月，福建总督李率泰奏：定海小埕贼众盘踞，臣密会靖藩各调官兵击走之。又万安所先经迁毁，续被伪镇杨宣等筑垒新踞。臣复密会提臣马得功调发官兵夹剿，贼不能支，扬帆远遁（东华录）。
五月八日，明招讨大将军延平王郑成功薨于东宁。初，后提督万礼密约黄梧，欲据思明州以叛，后随征南京死，已祀忠臣祠矣；事泄，撤其木主。守铜山将蔡禄、郭义，其党也，胁忠匡伯张进叛。进诈许，置酒请会，欲发火药与之俱焚。蔡、郭知之，不赴，进遂放火自焚。清兵入铜山，洪旭会南澳忠勇侯陈豹败之，清兵退。成功拔翁天佑镇守铜山，而厚恤张进之家。豹守南澳近二十年，许龙、苏利皆畏之，骄傲专恣，数违成功令。周全斌以铜山、思明州兵取南澳，豹不敢迎战，扬帆入广东投诚，封为慕化伯；未几，病疫死。成功严谕搬眷，而郑泰、洪旭、黄廷等皆不欲行，于是不发一船至台湾，而差船来调监纪洪初辟等十人分管番社，皆留住不遣，岛上信息隔绝。四月，成功遣兵官杨都事奉令箭到思明州杀董氏及其长子经，以与乳母生子之故。洪旭等不肯奉令，杀杨都事；而讹传周全斌奉密谕欲杀诸将十余人，于是人人自危。旭使全斌回厦门港，即执而拘之，黄昌劝郑泰遂杀之；全斌求救于董氏，洪旭亦依违，乃得免。至是，成功疾革，犹日强起登将台，持千里镜望澎湖诸岛。是日登台，罢冠带，请太祖训出，坐胡床进酒；读至第二帙，叹曰：『我有何面目见先帝于地下也』？两手掩面而逝。计成功自隆武丙戌起兵，经营海外十余载，进取之志卒未能达；及退据台湾，越年竟殁，春秋三十有九。提督马信及诸镇将黄昭等议以其弟世袭护理大将军印。未几，马信以哭成功过哀病故。世袭以黄昭、萧拱宸为腹心，刘国轩管镇事，谋自立。报至思明州，郑泰、洪旭、黄廷、工官冯澄世、参军蔡鸣雷等立长子经为嗣，称世子，发丧即位。是年，永历帝已先一日被难，而经犹奉其正朔（海上见闻录、小腆纪年、清史纪事本末）。
海上诸臣议复奉鲁王监国（海东逸史）。
平南王尚可喜奏：总兵官许龙擒郑成功之弟郑成赐于厦门。得旨嘉奖，下部议叙。
六月，谕兵部：福建水师应设提督一员、总兵二员。此水师官兵应驻何处、每处应设官兵船若干？尔部会同大学士苏纳海、尚书车克速议奏闻。
七月，靖南王耿继茂奏：漳州水师经制兵三千，原设游击二，分为二营；恐兵多不便约束，请增游击一，改为中、左、右三营。从之。
增福建长乐营游击一（以上东华录）。
十月（小腆纪年作十一月事），洪旭、郑泰以兵千余人送世子经台湾，周全斌为五军，冯锡范（澄世子）为侍卫，陈永华为咨议参军。至澎湖，其将李思忠船飘至台湾，知诸将有谋，逃回。经因乘风入鹿耳门登岸，全斌令连夜伐木为栅扎营。次早，黄昭会诸将出兵，值大雾，昼冥，跬步不可视，诸将多迷误失期；惟黄昭兵先至攻其前，刘国轩兵至攻其后，破营而入。经兵却，复挤而前，黄昭攀木为梯，为流矢所中坠下；全斌斩其首，大呼示众，军士皆迎降。大雾忽晴，日已向午。经入安平镇，请世袭待之如初。世袭委罪于其仆蔡云，云自缢。收杀萧拱宸、李应情、曾从龙等，余不问；诸将营兵守汛地如故。时靖南王耿继茂移镇福建，与总督李率泰遣中军李有功等至思明州。郑泰等议照朝鲜国例复耿、李，使疏请。泰遣中军杨来嘉入京待命，不报。来嘉回，京中遣户部郎中贲岱、兵部郎中金世德入闽招抚，凡海上文武官投诚者照品级补用（海上见闻录）。
十一月，经率周金斌等同其叔世袭回思明州。后世袭入京归命，授精奇尼哈番。颜氏、芝豹自戍所发回，准在京同住（同上）。
二十三日，鲁王殂于台湾（海东逸史、小腆纪年）。
靖南王耿继茂奏：伪镇威将军左都督杨学皋率所属官兵三千余名、人民家口三万有余投诚，请从优议叙。得旨：归顺人民听其自便安插。寻授学皋左都督，加太子太保，给三等阿思哈尼哈番。
十二月，耿继茂奏：总兵官吴万福奉命招抚伪总兵王士鳌等归诚。
耿继茂奏：自顺治十八年九月起、至康熙元年七月止，陆续招抚伪将军、都督、总兵并副、参、游、守、千、把总等官共二百九十员，兵共四千三百三十四名，家口共四百六十七名，请敕部酌议各官给与衔俸，兵丁入伍支粮。
命福建水师提督带兵四千驻扎海澄县，左路水师总兵官带兵三千驻扎闽安县，右路水师总兵官带兵三千驻扎同安县。
裁福建海澄总兵官（以上东华录）。
二年（永历一七年、一六六三），永明王讣至，郑经犹称永历年号（三藩纪事本末）。
三月，荷兰国遣出海王统领兵船至福建闽安镇助剿郑氏（东华录）。
郑经使洪旭守思明州、郑泰守金门、黄廷守铜山。而经得泰与黄昭往来书，欲袭取之；泰不自安，称病不来见。四月，参军陈永华谋以经将回东宁，调泰为居守户官，统辖诸镇；铸居守户官印，遣协理吴慎赍至金门。泰遣弟鸣骏入谢，经慰谕之；见陈永华，情款甚密。鸣骏回，力劝其行；泰遂于六月六日带兵船并饷银十万至思明州。经以通书黄昭事面质之，遂交与洪旭监留。周全斌率兵并其船，独蔡璋一船走脱。天未明，至金门。鸣骏仓卒与泰子缵绪率诸将及兵丁眷口下船，入泉州港，向总督李率泰投诚；船二百余号，兵八千余人。全斌等追之不及。泰见子弟家眷兵众皆入泉州港，遂自尽而死（海上见闻录、小腆纪年）。
七月，以黄而辉（黄廷子）为思明知州（海上见闻录）。
八月，黄廷自铜山入见，经慰谕之。右武卫杨富、左武卫何义、礼官都事陈彭等皆先后内渡投诚（同上）。
靖南王耿继茂奏：伪尚书参知军政事蔡雷鸣密令其子伪侍郎蔡协吉、伪通政蔡源等携眷来归，应请叙录。
投诚同安伯郑鸣骏奏报：伊兄郑泰遗命子郑缵绪统所部文武各官四百余员、水陆兵丁七千三百余名各带家眷，驾舟舰一百八十余号，直抵泉郡港口投诚，并缴伪敕印等件。授福建投诚同安伯郑鸣骏为遵义侯、永成伯郑缵绪为慕恩伯。
九月，耿继茂奏：伪庆都伯王秀奇投诚。
福建总督李率泰奏：伪忠靖（一作精忠）伯陈辉率文武伪官一百三十三员、兵一千六百名、家口八百余名投诚。管理福建安辑投诚事务郎中贲岱奏：伪统领挂宁南将军印左都督陈舜穆率辖下总兵二员、副总兵六员、参将二十员、游击十九员、都司三员、守备一员、兵部主事一员、工部郎中一员、监纪推官二员、兵丁一千名投诚（以上东华录）。
荷兰集夹版船十六只、兵数千人，会约靖南王总督同攻金、厦两岛，事定之日，欲求浯屿筑城贸易，如广东香山澳例，复准纳贡互市（海上见闻录）。
十月，陆路提督马得功督郑鸣骏以船数百号出泉州港，水师提督施琅同黄梧出海澄港，靖南王耿继茂同荷兰兵札营同安刘五店，约期渡海。
李率泰奏：伪总兵魏明等率众来归，请从优录叙。
李率泰奏：延、建等处皆高山峻岭，贼首王铁佛等倚险结巢；建宁、延平、邵武将弁统兵克期夹剿，三路齐进，奋勇力战，杀贼一百一十七人、生擒王铁佛等六十八人正法。又奏：郑锦遣伪副将林维等率舟师由海门欲乘风直入海澄，烧新造战船。提臣施琅密遣守备王明等统水师，夜半直抵海门；贼■〈舟宗〉前来拒敌，我兵奋勇，阵杀伪副将林维等，生擒贼将兵丁共一百二十五名，夺获船只、器械。
十一月，李率泰奏：海寇五百余人由梁山侵犯海疆，总兵官王进功、参将折光秋夹击，大败之，杀贼一百六十余人、生擒九人。
耿继茂奏：郑芝龙子郑世袭素蓄归顺之心，缘郑成功携往台湾。及成功暴亡，复被逆孽郑经带回厦门，脱身无术。至是，乘间率伪文武官二百二十四员、水陆兵一百二十名家口、船只、盔甲、器械等物投诚。又伪都督郑赓系同安伯郑鸣骏之弟，携带官兵共三百一十五员名、家属共三百四十二名口投诚。
耿继茂奏：伪都督佥事陈宗等文武官二百三员、兵丁三千二百二十五名并战舰、盔甲器械等物投诚（以上东华录）。
郑经率黄廷、周全斌等会于金门。全斌曰：『海澄之师猝未敢前，惟泉州会合红夷夹板而来，其势甚锐；破之，则各港气夺，不战自退矣』。洪旭曰：『先王破达素，悉空厦门，背城一战』。乃出眷口暨流寓之宗室、绅兵寄椗各屿，而列舟师于大担，以为全斌援。荷兰船高而且大，一船有大小熕铳千余号，横截中流，为清船藩蔽。是日，炮声自辰至酉，相续不绝，一似霹雳。经见荷兰船炮多，众寡不敌，乘潮渐渐退出浯屿。全斌等十三号船在后，迫于潮长不得出，直绕荷兰船之后，冲■〈舟宗〉大而入。荷兰船发熕齐击，无一中者。马得功坐鸣骏中军船，全斌误以为鸣骏，直前攻之。黄廷中军将吴朝宰、经亲军将萧乘龙前后夹攻，挥兵过船。得功亲随铁甲精兵三百人皆被杀，得功顿足，自投水而死。全斌讯降卒知之，叹曰：『吾欲擒獐，乃中一虎，岂是贼未合死邪』？再遇杨富船，全斌喝曰：『叛贼！今日是汝死日』！冲入逼之，富投水，遇小艇救之得免。已而守高崎将陈升密款于官军，漳州军施琅、黄梧乘潮落援之，耿继茂、李率泰亦各济师，经众寡不敌，退守铜山。黄廷议欲再守数日，全斌以为船多损坏，不可；遂弃两岛而去。官军入，堕其城，收其宝货妇女而北。梧劝率泰乘胜逼铜山。率泰曰：『穷寇勿追，急之则逸，入台湾后难图矣。乘彼人心未定，招抚以散其党羽，计之上也』。乃遣使至铜山，宣布朝廷德意，密通诸将，许生擒郑经者封同安侯，镇守泉州如海澄公例。惟洪旭笑而却之。先是，李率泰给示，准岛中百姓过界。思明州知州黄而辉请准岛民渡海，令下三日，永华复复经禁之。至是清民入岛，遗民尚数十万，多遭兵刃，男妇系累、童稚成群，若驱犬羊，连日不绝。而投诚兵搜掠财物，发掘冢墓，至剖郑彩之棺而残其尸；堕城焚屋，斩刈树木，遂空其地，「嘉禾断人种」之谶应焉（海上见闻录、小腆纪年）。
十二月，耿继茂、李率泰等奏：臣等统率大军，渡海攻克厦门，贼众惊溃登舟；水师提督施琅会荷兰国夹板船邀击之，斩首千余级，乘胜取浯屿、金门二岛。郑锦、周全斌等势穷宵遁（东华录）。
案此次战事，官军实大败，大将马得功至投水死，乃掩败为胜如此；则经自弃两岛，而官军得以为功耳。
耿继茂等奏：十月二十八日，郑锦等遣兵五千人突犯云霄；右路总兵官王进功率官兵逆击之，斩杀过半，余众尽赴水死（东华录）。
总督赵廷臣阅界（福州府志）。
三年（永历十八年、一六六四）正月，管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：郑芝豹生母黄氏率子侄眷属等赴闽投诚。
李率泰奏：原任提督马得功攻取厦门、金门二岛，力战死。得旨：从优议恤。
靖南王耿继茂奏：年虽未迈，疾病相仍，子精忠未谙军旅，恳赐遣归，俾臣力疾教之，训以备驱策；允之。
授福建投诚伪伯陈辉为慕仁伯。
二月，耿继茂等奏：福宁总兵官吴万福招抚伪镇林国梁投诚，随遣游击李应先等协同攻克长腰、东蚶二岛，寇巢破灭，阮春雷、张煌言仅以身免。得旨：从优议叙（以上东华录）。
郑经驻铜山，诸军乏粮。周全斌欲袭洪旭而并其船，旭亦防之；值海风大作，船各飘开，全斌遂率其众入漳投诚。旭以杜辉守南澳，辉亦掠其辎重投诚。林顺亦自镇海投诚。旭谓经曰：『金、厦新破，差官仆仆前来，非为招抚，实窥探以散人心；当速过台湾，迟则变生肘腋矣』。三月，经乃同冯锡范、陈永华等悉众东徙，命黄廷断后。工官冯澄世一船为其家丁所迫，自投海中死。旭以二十舟候黄廷同行；廷部兵将多不愿，适黄梧遣陈克竣来招降，廷遂入漳投诚。旭自往东宁。过澎湖，设重镇守之。改东都为东宁，天兴、万年二县为州。分诸将耕屯荒地，造京馆以处宗室遗老之相从者。度曲征歌，示无西意，以与民休息焉。李率泰尽徙诸岛遗民于内地，开界沟、筑界墙，五里设炮台、烟墩，二十里设营将守之。弁兵得贿，纵出入；或睢眦杀人。失业流离之状，不可言矣（海上见闻录、小腆纪年、皇朝年表）。
耿继茂奏：伪将张灿、吴盛等率领兵民渡海投诚，群贼分■〈舟宗〉来追，意欲乘机入犯内地；总兵官王进功统兵驰剿，歼贼众于陆鳌、破贼巢于下蔡，斩首千余级，接应投诚人等入界。
五月，耿继茂等奏：三月初六日，臣与总督李率泰、提督王进功、海澄公黄梧等领兵先后至八尺门，伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款。十四日夜半渡海，进拔铜山，斩首三千二百余级；伪都督余宽等率伪官兵家属人等三万二千四百余名出降，所获船只、盔甲、器械无算。郑经仅存数十艘，乘风遁走台湾。计闽海地界凡数十岛，贼巢布列，至是扫灭殆尽。授投诚周全斌为承恩伯，食三等伯俸。
六月，李率泰以病求罢，谕留之。
以朱昌祚为福建总督（由浙江巡抚迁）。授投诚黄廷为慕义伯。加致仕福建总督李率泰为正一品。
李率泰奏：总兵官李长荣等出洋会剿张煌言，击败五千余人，擒伪总兵张贤等，并获船只、器械。
七月，管理福建安辑投诚事务贲岱奏：自康熙元年至三年止，合计投诚文武官三千九百八十五员、食粮兵四万九百六十二名、归农官弁兵民六万四千二百三十名口、眷属人役六万三千余名口、大小船九百余只（以上东华录）。
八月，李率泰上疏议取台湾，以福建水师提督施琅为靖海（一作南）将军，承思伯周全斌、太子少师左都督杨富副之，整舟师数百号候风开洋（海上见闻录、皇朝年表）。
十月，耿继茂奏：荷兰国出海王于八月十六日带领番船十只、番兵千人抵闽安镇，约九月二十至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻贼巢，候风便进取台湾（东华录）。
四年（永历十九年、一六六五）正月，李率泰奏：闽海厦门各岛前已荡平，惟南山、镇海、佛潭桥一带余孽盘踞；总兵刘进忠等进剿，于三年九月初四日亲统官兵，阵斩七千有奇，招抚男妇一万三千余名（东华录）。
水师提督施琅疏请攻台，与周全斌等出洋，未至澎湖，飓风大作，各船飘散，不能相顾，皆引还。未几，琅、全斌入京。进琅伯衔，为内大臣，归旗（海上见闻录、三藩纪事本末）。
五月，议政王等会议吏部奏请裁并督抚一疏，得旨：福建仍留总督一员。
六月，李率泰奏：漳、汀地方辽阔，请以守漳道仍驻漳州，巡建道仍兼辖延平，守建道自建宁府改驻汀州，兼辖郡武；从之。
八月，兵部议叙康熙二年进取金门、厦门、康熙三年攻克铜山等处功，加靖南王耿继茂俸银一千两，赏海澄公黄梧大蟒、貂裘、鞍辔等物，加黄顺等二十人为左都督、施琅等六人为右都督、陈斌等十一人为都督同知、黄英等十一人为都督佥事。总兵杨富以进援中伤，落水复出，授拜他喇布勒哈番，准袭二次。各将士加等授职有差。
九月，李率泰奏：水师右路总兵官杜永和连破海寇，斩伪将乌角车等。
上谕：设立水师提督、总兵官等，原为防御海寇。今福建铜山、炫钟等处贼船挽泊，提镇官等并未带领官兵扑剿，至贼船飘往广东，并未跟踪追杀，又不豫檄广东各官在前截杀，则设立水师提督何用？以后若再如此，定行治罪。
五年（永历二十年、一六六六）正月，李率泰卒。遗奏闽海余氛远窜台湾，奉旨撤兵，与民休息，洵为至计；惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶，太迟又恐贻患。目下当安反侧之心，日久务防难制之势。红毛夹板船虽已回国，然往来频仍，异时恐生衅端。闽省兵马、钱粮专望协饷，倘若外解不周，即有意外之虑。至数年以来，海禁甚严，迁移之民尽失故业；宜略宽界限，俾获耕渔，稍苏残喘。
以张朝璘为福建总督（原任江西总督）。
十一月，福建巡抚许世昌以病乞休，命以原官致仕。以刘秉政为福建巡抚（以上东华录）。
是年，曾养性补福建巡抚（逆臣传）。
六年（永历二十一年、一六六七）三月，以祖泽溥为福建总督（贰臣传）。
七年（永历二十二年、一六六八）四月，海澄公黄梧奏：海疆底定，非昔日强寇出没可比。福建全省之兵并归经制，独同安城守一营官兵，尚属臣标；请将城守营副将一员、兵一千名悉归经制，听总督、提督管辖。从之（东华录）。
八年（永历二十三年、一六六九）正月（纪事本末作七年事），浙江投诚将孔元璋请往台湾招抚；京中遣大臣明珠、蔡毓英至泉州，加兴化知府慕天颜卿衔，渡海往议。郑经遣柯平、叶亨到泉州，议照朝鲜例称臣奉贡，不剃发、不登岸。议竟不成。经在东宁，以陈永华理国政，冯锡范管侍卫、刘国轩等管兵。洪旭病故，其子洪磊及永华侄绳武等皆任用。置凤山、诸罗二县，课耕种、通鱼盐，安抚土番、贸易外国，数年间海上亦相安无事（海上见闻录、三藩纪事本末）。
三月，以刘兆麒为浙江福建总督。
九年（永历二十四年、一六七○）闰二月，复设福建总督一。
四月，复设福建分守兴泉道、巡延建邵道，其福州府、福宁州海防事归驿盐道兼管，兴、泉二府海防事归兴泉道兼管。
以刘斗为福建总督。
十月，浙江福建总督刘兆麒奏：伪宁远将军林柏馨、伪都督施轰率伪官百四十四员、兵千六百九十名、船三十只自台湾赴浙投诚。
十年（永历二十五年、一六七一）正月，耿继茂奏：旧疾日剧，请以长子精忠管理军务；从之（以上东华录）。
耿继茂卒，子和硕额驸精忠袭（皇朝年表）。
五月，予故靖南王耿继茂谥「忠敏」。
八月，福建总督刘斗奏：海寇自撤水师之后，帆樯出没，侵犯靡常，甚至在各岛屿盖造房舍。臣等密商机宜，配发水陆官兵陆续搜剿。今已搜剿六十余岛，斩溺贼众五千三百八十余人（以上东华录）。
十一年（永历二十六年、一六七二）九月，命福建总督自漳州移驻省城（东华录）。
是月，范承谟为福建总督（东华录）。
十二年（永历二十七年、一六七三）二月，郑经将刘国轩下海澄，遂围漳、泉。先是，都统胡图复漳、泉，经奔厦门，国轩亦弃惠州去，凡七府一时俱溃。至是，国轩复出，沿洲堡连下十余处；兵仅数千，飘骤驰突，锋锐不可当。于是都统穆赫林败于湾腰树，将军喇哈达、都统胡图败于镇北山，将军赖塔、提督段应举败于福山头。国轩遂取平和、漳平，进破海澄，斩应举及总兵黄蓝，兵士死者三万余、马万余匹，军势益振；乘胜下漳平、长泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化诸邑。国轩自围漳，遣兵围泉。康王杰书时驻军福州，不敢进。已而在籍学士李光地为乡导，引赖塔兵由安溪间道出同安，泉州围解，国轩退入海澄；时出窥漳州，相持年余不决（清史纪事本末）。
七月，靖南王耿精忠奏请将部下官兵撤回安插（东华录）。
议政王大臣等议奏：福建今已底定，地方有防守官兵；靖南王既请自福建迁移，应将王本身并标下十五佐领官兵家口均行迁移。从之（东华录）。
十一月，吴三桂反，止闽、粤两藩勿撤（皇朝年表）。
十三年（永历二十八年、一六七四），三藩难作，耿精忠据福建以叛。三月十五日（李文襄年谱作二十九日），精忠传各官入府议事。总督范承谟不屈，被拘，以巡抚刘秉政为统制使，萧震为布政司，自称总统兵马上将军，移檄各府县；望风降。泉州提督王进功夜纵诸将焚劫；马惟兴劫兴化、郭维藩劫惠安，独同安城守张学尧、晋江水师营李尚文所部无犯。初，精忠遣通事王镛至台湾乞师，请以舟师由海出江南，而自统陆师出浙江；镛回言海上船不满百、兵不满万，精忠轻之。经遣协理柯平至福州报命，精忠谩应曰：『世藩来甚善，各分地自战可也』。台湾侍卫冯锡范、镇将刘国轩率舟师数十、兵数千至厦门。精忠调诸路兵出关，以黄梧为平和公。梧病疽，受印不数日，疽溃而死；子芳度遣黄翼带兵千余人，从精忠兵出关。海澄总兵赵得胜与锡范密约，以海澄降。精忠召泉州提督王进功至省，以张学尧镇泉州、花尚兰守同安。锡范等至同安，尚兰迎降，获学尧家口。学尧闻变趋回，俱降于经（海上见闻录）。
郑经至思明州，以赵得胜为左都督，封兴明伯张学尧为左先锋镇、花尚兰为仁武镇。遣人于精忠借漳、泉二府，并议拨船；精忠不许，又禁买船料货物。耿、郑交恶，精忠遣王进率部卒千人入泉州。进原为漳州副将，时提标五营不应调。王进至，与城守赖玉相结，以提标守备戴国用为爪牙，勒令王进功家眷入省。进功子藩锡与杨青等以藩锡母命召诸将议事，赖玉、戴国用、李尚文至，执之，率兵攻王进。进走登涂门楼，意气自若。提标兵无统帅，相持竟日。进恐海船至，更深整队出城而去。六月三日，范锡至，杀赖玉，分其尸。四日，绞杀戴国用，释李尚文，迎经入城。经以范锡为指挥使，暂理提督军务。遣人谕黄芳度降，封德化公、授前提督，漳属钱粮听其征给。芳度终不自安，差人间道赍密疏入京。潮州总镇刘进忠降于精忠，密请漳浦镇刘炎率兵会之；夜攻同城，续顺公沈瑞并其兵（海上见闻录、三藩纪事本末）。
七月，以郎廷佐为福建总督，以杨熙为福建巡抚（东华录）。
尚可喜遣兵围刘进忠于潮州，精忠不能援，因求救于经；经遣援剿后镇金汉忠率舟师援之。以进忠为右都督，封定虏伯（海上见闻录）。
八月，黄芳度间道赍奏，言父梧于三月病故，不得已权送敕命于精忠，仍密行招募，合旧兵共得六千余名。六月初四日，斩伪城守都督刘豹等三人，保守漳州。惟望大兵入闽救应，随往迎接。得旨：大兵由浙江、江西、广东三路进闽，黄芳度侦何处先到，即来迎会。寻芳度兄一等侍卫芳世乞随大兵进剿，救援伊弟；因授芳世为随征福建总兵官，进剿福建（东华录）。
九月，精忠遣王进以步骑三万攻泉州，并命漳浦降总兵刘炎与进为犄角。进至惠安，肆行焚掠；经命刘国轩统营兵御之。王进退屯枫亭，列营二十余里。十月，国轩至涂岭，严阵会战。进见前阵皆新募之兵，直前击之，新募兵殊死战。国轩令许耀分兵袭其营，进大败。国轩追至兴化城外而还，刘炎以兵会上。经檄黄芳度击走其兵。精忠复遣徐鸿弼会云霄镇刘成龙兵入漳浦。经以冯锡范、赵得胜督诸军迎战于罗山。右虎卫何佑挥军击之，鸿弼等败回漳浦城。锡范以冲天炮击入城，炎大惧，同鸿弼、成龙等出降（海上见闻录、三藩纪事本末）。
十二月，金汉忠一军歼于潮州。郑经遣赵得胜督军援之，与尚可喜兵战于黄花冈，广兵败走，潮围解。
经设六官：洪磊为吏官、杨英为户官、郑斌为礼官、柯平为刑官、杨贤为工官，兵官缺。置六科都事、察言司、承宣司、宾客司等。陈永华为总制，留守，兼管勇卫；冯锡范为侍卫；二卫皆亲军。薛进忠为左武卫、刘国轩为右武卫、何佑为右虎卫、施福为五军，其左右先锋及诸镇营皆听五提督调遣。凡文武事宜，皆参军陈绳武、侍卫冯锡范主之。经之来思明州也，兵饷取给于东宁。洪磊承其父遗命，助饷银十万两。至是兵众饷多，乃以六官督比绅士富民以充之。以郑省英为宣慰使，督理各府县钱粮。百姓年十六以上、六十以下，每人月纳银五分，曰「毛丁」；船计丈尺纳税，名曰「梁头」。及设各府盐引，分管盐场，以给兵食（海上见闻录）。
黄芳度奏：臣练劲卒满万，坚守漳城及龙溪五县。耿逆潜师援漳浦，臣分兵邀击，贼众大溃。郑经复遣伪侍卫赵得胜来攻漳浦。乞发大兵，不拘何路进闽，与臣会合。得旨：尚可喜即发兵应援黄芳度，康亲王杰书、将军希尔根由浙江、江西作速进剿福建。大兵一到，移知黄芳度速赴会合（东华录）。
十四年（永历二十九年、一六七五）正月（三藩纪事本末作十三年事），耿精忠遣张文韬至泉州郑经处贺正议和，送船五只。经遣郑斌报使，约以枫亭为界，始通好（海上见闻录）。
二月，永春冯眺峰寨民吕华不服征派，郑将薛进忠围之，三月不下。知县郑时英谕之出降，钉杀之，家族发淡水充军。续顺公沈瑞驻骁平，广兵来援，何佑遇于百子桥，破走广兵，瑞出降，封怀安公（海上见闻录）。
五月，郑经至海澄，遣郑斌入漳慰谕芳度。东兵入见，芳度不受命，密调回黄翼出关兵。精忠移檄召之，亦以疾辞（海上见闻录）。
六月，经自海澄移檄万松关。芳度令其下俱剃发据守，遣其兄芳泰入粤请援，自与诸将守四门。经进攻不利，援剿后镇万宏登梯中炮死，乃筑屯围之。调何佑从潮州先攻平和县，守将赖升降，诸属皆下（海上见闻录）。
十月，海澄标将吴淑以漳州降郑氏。初，淑归清，属海澄公标，黄梧待之厚。梧将死，呼淑托曰：『吾儿年少，君可保全之』。及城被困日，淑谓其弟潜曰：『我本海上旧将，公虽待我厚，我负罪于先藩实深。今世藩待我眷族尤有加，岂可反图逆命』？遂以十月六日开城，芳度仓皇投开元寺东井而死（三藩纪事本末作十三年事）。经兵入，获其将黄翼等斩之；没其家，剖黄梧棺戮尸斩首，及芳度首揭以徇众。有议发梧祖冢者，经曰：『罪止其身，于先世何与』？不许。芳泰会其兄芳世，由州汀至永定，闻漳州降，大掠而遁。经以吴淑为后提督，出江右（海上见闻录、逆臣传、皇朝年表）。
十五年（永历三十年、一六七六）五月，精忠汀州守将刘应麟以州款于郑经。经使吴淑入据之，以应麟为奉明伯，始叛盟也（三藩纪事本末）。
七月，以郎廷相为福建总督（由原任河南巡抚迁）。
九月，福建总督范承谟陷贼三年，耿精忠多方偪诱，誓死不屈。至是，与稽永仁等并遇害（海上见闻录、东华录）。
清师入闽，兴化守将马成龙以城降郑经。经令许耀率兵赴之，旋令督诸军进取福州，驻师乌龙江。耀沈湎酒色，不在军事，诸将不服。清兵渡江，或议于半渡击之，不听。既登岸，仓皇出战，败回。经乃遣赵得胜、何佑代之，屯兴化以御清兵（海上见闻录、三藩纪事本末）。
十月，康亲王杰书师抵延平，耿继美等以城降。精忠闻之，大惧，随遣精奇尼哈番刘蕴祥等赴延平献伪总统将军印，续遣子耿显祚同前赍敕被留之周襄绪、陈嘉猷迎大军。杰书抵福州府，十月朔日，令侍读学士尹泰赍免死敕谕前往。初八日，康亲王同将军赍塔督兵败贼于大溪滩下江山县，遂克仙霞关，攻拔浦城县。是时，郑经扰兴化及福州。精忠与其党武灏、沈伟、郭景汾、罗万里等搜括福宁、建宁、延平财利以饵众将，不继，伪镇李朝政驻连江县，尽勒客户民居为兵，又屡为大兵挫衄，势益穷蹙。康亲王自建阳移书精忠招降。精忠得书，犹豫未决；答书言『自愿归诚，恐部众不从，致滋变患；望奏赐明诏，许赦罪立功，以慰众心，乃可率属降』。时诸将已密谋投诚，精忠欲乘船奔海，为都尉徐文耀所胁，不得出城。至是，于初四日剃发，率文武官员出城迎降，献所属官兵册藉。寻精忠请随大兵立功赎罪，杰书以闻（皇朝武功纪盛、海上见闻录、东华录、逆臣传、连江志）。
上命耿精忠仍留靖南王爵，率伊所属官兵随大兵征剿海寇，图功赎罪。原任巡抚刘秉政等俱着来京，其藩下官员及两镇下武弁仍留原任。兵丁照额设外，其余愿效力者分隶提镇各标，愿归农者原籍安插（东华录）。
十一月，精忠邵武伪守将杨德以州款于经，经以德为后劲镇，吴淑入据之。当是时，经悉有泉、潮、漳、诏、惠、汀、兴、邵八郡之地（三藩纪事本末）。
十二月，清兵至邵武，淑御之；大雪严寒，诸军涉溪，皆冻不能走，遂弃邵武，屯汀州。汀州前纳款于经，守汀薛进思惊惧失措；汀州镇刘应麟愿倾资助饷固守，进思不从，弃城而走。应麟奔潮州依刘进忠，病死；淑奔还岛中（海上见闻录、三藩纪事本末）。
康亲王杰书奏：耿继善前闻大兵将至，即弃邵武府遁往江西；海寇吴淑乘势取邵武城，复犯延平。伊弟吴潜率兵渡河屯浦塘迎敌，副都统伯穆赫林等率满汉官兵屡次击败之，阵斩伪总兵杨大任等，杀贼兵万余，生擒伪总兵阮信等三百四十余人，所获军器无算。伪武定将军彭世勋以邵武府降。又奏：耿精忠藩下编作佐领兵丁外，又有左右两镇兵。今福建经制及抚标兵俱照原额全设。精忠见率伊佐领下兵随大兵征剿海寇，未为不足；当节省饷银之际，其两镇官兵应请裁革。又藩下总兵官曾养性及原任温州总兵官祖宏勋俱自温州率兵至福州，祖宏勋应照刘秉政例赴京候补。得旨：俱如所奏（以上东华录）。
——录自福建通纪卷十二。
十六年（永历三十一年、一六七七）正月，郑经兵自馆头踰岭，夜掠水南，焚民居数十家；守备郑兴却之（连江志）。
康亲王杰书奏：副都统伯穆赫林等追剿海寇，恢复泰宁、建宁、宁化、长汀、清流、归化、连城七县及汀州府城，招降伪官七十三员、兵丁二千五百余名（东华录）。
清宁海将军喇哈达、平南将军赖塔等兵至兴化。时郑经诸军锐气已丧，何佑又与赵得胜不睦，疑其贰于清，得胜指天自誓，佑不之信，登台以望赵师。师溃，得胜抽蕞注射，应弦皆倒。既见佑军之不动也，叹曰：『吾不幸与若辈同事，死固宜也』。下据胡床，挽强杀数十人以死。佑蓬发奔泉州，兴化遂陷（海上见闻录、三藩纪事本末、小腆纪年）。
二月，谕户部：闽地经海寇扰害，又遭逆贼暴征横敛，民困已极；今年钱粮尽与蠲免。其遭乱窜避人民，俱招徕还籍，各安本业。
康亲王杰书奏：副都统伯穆赫林等恢复上杭、武平、永定等县，招降伪总兵尹云龙、曾显洪、张威等（以上东华录）。
康亲王遣知府张仲举复与郑经申前议，经不从（三藩纪事本末）。
清兵至泉州，守将林定无备；城破，标将林孟、参宿营谢贵死之。定走免，诸军溃散。十九日，清兵至漳州。经仓皇登舟至华港，弃而不守；至厦门，欲回东宁，百姓号泣攀留。角宿营吴桂整兵防守，众赖以安。继而余众稍集，乃遣水师分汛而守。祭赵得胜，亲临哭之。斩薛进思（原姓名裴德）、许耀（东华录许耀已阵斩），捆责何佑、吴淑戴罪自效。诸将家眷搬回东宁。王进功、沈瑞、张学尧等陆续起程。一时七府俱溃。经既崩剥，不知所为，国事尽委之刘国轩（海上见闻录、小腆纪年）。
三月，康亲王杰书奏：郑经大败于兴化、泉州，遂弃漳州、海澄而遁。海澄伪副将孙绍芳、漳州伪知府程梦兰等相继纳款，宁海将军喇哈达等于二月二十日抵漳州，遂复府城及海澄等十县，闽地悉平（东华录）。
漳浦巫者朱寅，挟左道，诡称三太子；聚集海上残兵，率二百余人于十九夜袭泉州，攀堞而入，鸣鼓扬旗，从开元寺前至西街。守兵以为海兵复至，乃于双门前发一大炮。寅入城而去，人以为神，附者日众，蔓延于漳、泉属县。凡深山穷谷岩寨，无所不到，派粮以食。头裹白布，时谓之白头贼（海上见闻录）。
福建既定，康亲王杰书奏：以将军喇哈达、都统赖塔统兵同耿精忠进取潮州（逆臣传）。
汀、漳、兴、泉、邵武诸郡，以次收复。刘进忠、苗之秀以潮州碣石来归。于是海上稍靖。耿精忠奏：请入京服罪（皇朝武功纪盛）。
四月，耿精忠奏：遣子显祚入侍。命列散秩大臣（逆臣传、东华录作十月事）。
五月，令黄芳世仍袭海澄公、镇守福建水师提督总兵官，愈加训练，以靖海氛（东华录）。
六月，尚之信归清。刘国轩在惠州，郑经遣水师迎之，乃率所部航海而归（海上见闻录）。
九月，康亲王令将军赖塔偕精忠所属都统马九玉率将士守潮州，撤精忠还福州；诏止之（海上见闻录）。
福建总督郎廷相奏：郑经监军侍郎陈愈侯携带家口人丁自海上投诚。又奏：长泰县天柱山最为险要，山海寇贼多聚于此；臣调兵搜剿，同原海澄公标总兵魏茂等杀贼三百余名，生擒伪提督中军副将孙公等。其伪总督林凤等俱带重伤逃遁，天柱山已经荡平。又进剿东■〈土彔〉、塔潭等处，击杀伪将军吴田，贼将远遁。又奏总兵黄蓝败海贼于小盈，提督段应举等擒伪将军李复贵、伪军师林日向等（以上东华录）。
十月，郑经遣何佑等至南靖小溪收兵，吴淑等至长泰筑天成寨以遥应之（海上见闻录）。
福建巡抚杨熙奏：朱统锠以前明宗室名号纠集党羽，盘踞山谷；臣巳招抚伪总兵陈龙等，随遣按察使吴兴祚星赴光泽，率兵剿抚。吴兴祚设计遣投诚总兵蔡淑佯回贼营，以作内应；蔡淑随差人密报，投诚总兵陈龙复首先率众斩关夺路，官兵分道斫寨，剿杀伪弁兵丁四千五百余各，获朱统锠子朱义潜、侄朱义质。伪总兵冯珩等势穷计迫，执朱统锠并银印一颗，兵丁三千余名。又逆贼许志远恃朱统锠犄角之势，屡抗我师；今朱统锠被擒，闻风胆落，率众投诚，计伪官一百有八员、兵九千一百余名。
康亲王杰书奏：漳州龙溪县班山、南安县五都、同安县三保溪等处，贼匪立营结寨，盘踞山谷，骚扰百姓，为害已久。臣遣前锋参领都克纳、侯马三奇、副将冯兆京、副都统纪尔他布等分率官兵，于班山等处进剿。贼众屡次击败，并招抚伪副将黄邦汉等。又奏：续顺公沈瑞为海寇执往台湾，其官兵家口散处无依，应令会集一处。上命汇驻潮州，以副都统张梦吉、宋文科统之。
福建总督郎廷相奏：朱寅勾连海寇，横肆鸱张。臣遣海澄总兵官黄蓝等会同满洲官兵三路进剿。至灌口、杨坑地方，大败贼众，连夺贼营七所，阵斩一千余名，生擒伪左营将谢良、杨德六十余员，余孽逃遁。
十一月，耿精忠藩下参领徐鸿弼（一作朝弼）、佐领刘延应、护卫吕应赐、典仪陈良栋、护军苏云会等具状遣人赴部，首精忠归顺后尚蓄逆谋凡五款：一、违康亲王令，不悉举出奸党。一、仍遣王进功潜结海寇，通音问。一、与刘进忠执手耳语，谓乞降非所愿。一、密令腹心藏黑铅药于王星家，约俟异日收用。一、遣散旧兵归农，令勿携兵器、勿留供大军；又将降前三日，杀范承谟以灭口；又遣王子玉至吴三桂处乞援。部臣以状闻，昭忠在福州同参赞大臣介山、吴弩春亦以鸿弼首词具疏入告。疏留中（逆臣传、皇朝武功纪盛）。
康亲王杰书等奏：夸兰大、杜巴等率大兵败贼朱寅等于泉州关口，总兵官侯马三奇等败贼于和平桥、草蒲港地方，副都统伯穆赫林败贼于石井、清寺等处，遂恢复之。
福建总督郎廷相奏：署游击韩六合败贼吴万胜于崇安县界，杀贼二千九百余级。
十二月，康亲王杰书奏：海寇围泉州府属小营地方，副都督杨凤翔、提督段应举领兵往援，击败贼众，生擒总兵黄忠等，水陆共杀贼三千余人（以上东华录）。
清兵围吴淑于天成寨，朱寅率众来援，吴淑突围而出。
康亲王遣漳、泉二府知府同泉绅黄志美等照朝鲜例议抚，海上不从，亦无报使（海上见闻录）。
十七年（永历三十二年、一六七八）二月，福建总督郎廷相奏：海寇水师伪总督林英等犯泉州界，提督段应举遣标下参将朱起龙等大败之于日湖等处，生擒伪总兵林耀、伪副将黄宏等（东华录）。
郑经以刘国轩为中提督，总督诸军；吴淑、何佑为副。十日，至海澄，攻玉川（一作洲），守将刘宗降；三汊河、福河、下浒等堡皆下。十八日，进取江东桥，守将王重禄、吕韬等奔溃，遂烧断桥梁，分击漳州。援兵三战三捷，军声大振。二十三夜，取石码，遂入镇，取湾腰树、马州、丹州诸堡，军于祖山头，以逼海澄。副都统孟安等自潮来援，国轩退屯石玛，筑垣据守，仍分兵屯漳州。时总督郎廷相、海澄公黄芳世、都统胡图、穆赫林按兵漳上，提督段应举自泉州来，宁将海军喇哈达自福州来，平南将军赖塔自潮州来，其余副将朱志麟、姚公子、李阿哥等先后来援；芳世、穆赫林败于湾腰树，胡图败于镇北山，应举败于祖山头。国轩兵仅数千，倏水倏陆，飘忽驰突，满汉疲于奔命。国轩遂取平和、漳平，围海澄（海上见闻录、三藩纪事本末、小腆纪年）。
三月一日，国轩列阵赤岭，清兵背城迎战，前虎卫林陛一军当其锋。朱寅按兵天宝山，以牵漳州之兵；黄芳世击败之，寅遁入长泰（后下海，封为荡虏将军，改名蔡义明，岁余病死）。国轩树栅双桥一带，离漳数里。满汉诸将会议，以一股同黄芳世札水头湾腰树、一股扎镇安门，安炮以断其往来水路。国轩侦知，十一日黎明焚营撤兵。漳州兵意其遁也；少顷，举帆直抵水头，登岸陟岭进战。芳世素不知兵，又与诸将不协；吴淑攻之，芳世战败坠马，遇救得免，走入漳城，病月余死。自水头之败，海澄道阻，段应举会绿旗兵及满洲兵数万，列营祖山头。十八日下午，国轩兵至，应举挥兵迎敌；何佑、吴淑等绕出祖山之背，国轩督劲卒登山冲满洲营，满兵大溃。国轩又以兵截漳州大路，满汉兵弃辎重，自相残踏，奔入海澄。国轩夜令军士凿堑，一人一丈，引江水环城外；又凿沟数里，两岸安铳守之。由是，内外隔绝（海上见闻录）。
福建水师提督黄芳世奏：海寇集其伙数万，负嵎石码城。于三月初六日，伪提督吴淑等率众二万有余上岸，副都统孟安等同臣标副将杨壮猷等率兵极力追剿，击沈贼船，贼众败退。
案此奏，饰大败为小胜。
闰三月，蔡寅拥众万余，突犯安溪。知县李钰同驻防千总王国栋等率兵役丁壮亲身督战，贼遁去，仍在山立木城踞守。署泉州城守营参将宁惟国，署提标后营游击王旭等各带兵，及该道府厅调拨民兵，并在籍侍读学士李光地募发丁壮，令弟侄等统领，并力进剿，杀败贼众，烧毁贼营，保全县城。
案犯安溪，东华录既见于去年十月，又见于此；但据李光地年谱、传志等列在本年，今削彼存此。
四月，漳州安塘报：副都统穆赫林、海澄公黄芳世等师次湾腰树，与蔡寅（即朱寅）战失利，平和失陷，贼偪潮州立营。得旨：康亲王兵既分援诸路、蒙古兵复撤回闽中，兵力似单；今浙江平靖，可于杭、台、衢三府满洲、蒙古、汉军兵内选六百名，令副都统雅塔理率赴福建。到日，听康亲王调遣。并檄将军喇哈达、赖塔、靖南王耿精忠等交相计议，剿灭漳、潮间贼寇。
黄芳世奏：闽省变乱时，臣叔黄梧、弟芳度所部官兵，并已离散。臣抵漳之后，颇复收集，请减兵额为三千，付臣弟黄芳泰统辖。
总督郎廷相奏：海寇势焰日盛，勾连山贼，互相应援。臣标兵止二千五百，所在告警，不能分应；请增臣标兵二千五百，设立五营。今韩大任投诚之兵见给粮饷，即以此兵补入臣标，可不烦别糜粮饷。得旨：悉如所请；但韩大任之兵新经招抚，不宜聚处一军。大将军康亲王及参赞大臣将军耿昭忠及该督抚提等详议，将抚提标旧兵与新附之兵相参配合，以足兵额。统辖官员，该督选择题补。
康亲王杰书奏：奏副都统胡图、海澄公黄芳世等于闰三月初十、十一日连破漳州海贼，阵斩伪提督总兵等，焚毁贼营，获伪印札、船只、器械无算。
漳州安塘笔帖式报：海寇环围海澄，我兵失利于湾腰树，贼势益张。闻海澄城中粮已匮乏，贼复日犯漳州。
总督郎廷相奏：海贼猖獗，闽省兵单，请调江南、浙江、广东三省满汉官兵赴援漳、泉，又请调三省水师战舰，并于福建召募水卒，规取厦门。
五月，康亲王杰书奏：海澄危急，巳檄驻守广东潮州将军赖塔率所部兵之半及绿旗兵赴援（以上东华录）。
逮总督郎廷相，以布政使姚启圣代之；巡抚杨熙致仕，以按察使吴兴祚代之。江南提督杨捷代段应举为全省水陆提督（海上见闻录以为四月事，三藩纪事本末以为六月事）。援兵四集，屯笔架山，以救海澄。国轩以笔架山南小寨悬崖，状如挂灯（俗呼灯火寨），下临大溪，顺流可通海澄，问谁可扼守？吴淑请往；乘夜进寨，天明寨栅完备。是月十日酉时，满营发炮攻击，连夜不绝；淑令军士穴地藏身，无死伤者。驰报国轩，以为乘夜发炮，意不在寨，当别防之。满汉兵已至祖山、岳岭，破林彪、张凤二营，凤战死，进攻林陛营；国轩援兵至。姚启圣之子姚义统韩大任兵以牛载土囊填沟，至第三重，国轩发火炮击之之满溪兵多填于堑，遂退（海上见闻录、平闽纪、小腆纪年、东华录）。
六月朔谕：康亲王杰书用兵甚为巽愞，自至浙江，安居无事，及屡降严旨督趣，始破衢州之贼，进定福建。福建既平，不事豫防固守，俾海寇登岸，遂困海澄。杰书罢庸，怠忽军纪，宜并参赞大臣严行处分。但现在出征破贼，俟师还察议（东华录）。
福建提督杨捷以闽疆剿抚需才，奏请将江南游击王嘉会、刘起龙、守备何滨、李英、张瑞、杨懋绂调闽补用（平闽纪）。
十日，刘国轩攻入海澄。段应举、黄蓝、穆赫林，希佛死之，获孟安、马虎等满汉官三余员，皆释之，授官给俸。满兵千余，迁之东宁。海澄城中满甲二千、马八十余匹、绿旗兵守城兵计二万余，围八十三日，粮尽杀马而食，马尽，屑马骨食之，死亡及泅水而出者过半。闽省震恐，诸援兵退守漳郡。国轩议乘虚取泉州，令吴淑分兵下长泰县。国轩进兵，陷至同安。都统（一作梅勒）雅塔里走回泉州城守，何佑与江钦、杨德等十余骑至泉州，循清源山相视营地，城中兵不敢出。久之，队伍始至，札空营于平地。城中兵终不敢出（海上见闻录）。
七月，国轩水陆并进。江钦攻南安，杀守将。诸县守兵相继弃城走，遂进占泉州南门桥，载龙熕及大铳数十攻南门，城崩坏四十余丈，尽为平地。城内再筑短墙以守。城守马胜等以钉装船板，铺于地上；兵入，无踔足处，损伤甚多。会天大雨，城竟不拔。围泉两月（同上）。
康亲王杰书奏：贼围泉州，副都统纪尔他布、提督石调声退至兴化，惠安复陷。臣随檄将军赖塔、总督姚启圣守漳州，调将军喇哈达速率兵来援泉州（东华录）。
姚启圣奏：平和失陷，臣会商海澄公黄芳泰遣参将吕孝德等进剿，大败海寇，复平和县（同上）。
八月，杨捷密奏言：福建旧制，原有专设水师提督，后因海面无警，郑氏窜伏台湾，故尔裁去。今则海寇见驻厦门，于漳、泉等处水陆交犯，狂逞之势十倍于昔。自应循照旧制，特设专员，令其统辖沿海兵将，调度水战；俾臣得以尽力陆路，一心剿御（平闽纪）。
谕：提督杨捷可专辖陆路兵，水师提督别行补授。杨捷又奏：臣向在山东，深悉山东、河南兵熟习交枪、鸟枪者甚多，乞各发千人；江南兵有熟习弓箭火炮者，亦发千人赴闽。从之（东华录）。
郑氏屯船定海，欲俟陆兵南下，为尾后之策；闽安副将田万侯同总兵林贤、黄镐、林子威等调集各路兵船往剿，于八月二十七日在赤澳、黄崎以及官塘等处三路奋击。经水师总镇萧琛议以舟寡且小，欲据上流牵制之；水师章元镇欲先发制人，率所部十舟进战，众寡不敌，阻风逆流，一军尽没。章元镇被虏入福州，杀之。萧琛退泊海坛，经召回，斩以徇，令援剿左镇陈谅、后镇陈起明督朱天贵（精忠将以舟师降）等防御北船（平闽纪、海上见闻录）。
郑氏兵焚掠五里渡及港头、起步一带居民（罗源志）。
国轩既乘胜下漳平、长泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化诸邑（逆臣传以下诸邑为春间事），乃自围漳、遣兵围泉，而断漳之江东桥及泉之万安桥以拒王师。
康亲王驻军福州，不敢进。已而杨捷出兴化，复惠安；吴兴祚由仙游出永春，与赖塔复漳平。捷遣兵袭破陈山坝，以出万安桥之背，夺其桥。而赖塔军之阻江涨者，亦得在籍学士李光地为乡道，由安溪间道出同安。捷会同参赞大臣禅布、福宁总兵黄大来、浙江提督石调声直抵泉州城，围遂解。国轩乃率二十八镇还漳州，筑十九寨，吴淑、何佑亦帅十一镇军于溪西。九月，国轩入江东桥至长泰，以二十一镇兵与满兵战于龙虎山。精忠为右拒、赖塔为左拒，胡图在前战小却，姚启圣援之亦不利。精忠故仇郑，亲督战，立斩退者三人，大呼而入。将军马某继之，阵斩郑英、吴正玺等，破营十六座，斩首四千、捕虏千二百人，亡溺以万数。国轩中炮掀坠地，有满洲披甲前蒙国轩放回，遇之，以骑授之，始走免。于是赖塔复长泰、姚仪复同安，南安亦不守，国轩泅河遁入海澄。海澄三面环海，其陆地一面复掘濠引潮，以阻清军。时出犯江东桥，列营观音山，与满汉兵军垒相望（三藩纪事本末、平闽纪、海上见闻录、小腆纪年）。
吴兴祚奏：官兵败于白鸽岭，复永春、德化等县（东华录）。
初，郑氏将章元镇等攻掠幕浦堡，游击侯大经以兵趋救，马伤而蹶，寇将及之，千总刘某挥大刀前进，杀二人，获一人以归，侯乃免。寇尽俘男女于厦门索赎。有皮七者，前尝投诚，寓幕浦，与大户习。尝以二舟载堡民往来议赎，不取其直；贫而不能赎者，则贷而助之。诸大户亦皆赖以脱，掳者前后多归。至是，陈君翼率舟师破郑氏兵于定海，获元镇，复夺回前掠者数十人（连江志）。
郑氏将王一鹏率众啸聚于驿坂餔地方，欲阻绝要路。提督杨捷与巡抚吴兴祚定议，密遣连江营守备郑兴随征。总兵张韬率兵细探，果聚于上西、萧厝、沙格三处，乘夜进剿。官兵鏖战竟日，杀死七百有余、生擒六人，溺水者不计（平闽纪）。
十月，姚启圣遣人议抚，意欲得海澄；经不从（海上见闻录）。
十一月，京口将军王之鼎仍以将军调补福建水师提督，杨捷仍以原衔管福建陆路提督事务（平闽纪）。
十二月，康亲王杰书奏：都统赖塔等率领满汉官兵于十月二十七日败贼于柯铿山、万松关，副都统纪尔他布、总督姚启圣、提督杨捷等败刘国轩于江东桥，又败之于潮沟之间，副都统胡图败贼吴淑于石卫寨，斩获无算（东华录）。
予福建殉难南安县知县宋煜官荫（同上）。
复迁沿海居民于内地。耿精忠之变，闽省迁民悉复故土。康亲王疏请迁界以累民，罢之。至是，督抚再请迁（海上见闻录、三藩纪事本末）。
十八年（永历三十三年、一六七九）正月，康亲王杰书奏：刘国轩等率贼兵八千至郭塘、欧溪头地方立营，欲断江东桥，以犯长泰。都统赖塔与总督姚启圣、提督杨捷等统兵直偪贼营，令副都统纪尔他布、巡抚吴兴祚等领兵击之，大败刘国轩、吴淑、何佑等，追至江边，斩首二千余级（东华录）。
郑经以朱天贵守海坛；以陈谅为水师，乘南风迅发，复犯定海。官军集船百余，由由五虎门而出；大风暴起，官军收回五虎。郑氏船仍退海坛（福州府志）。
耿精忠既降，而郑氏方踞台湾、澎湖。浙江总督李之芳疏请操练战船及福建水师会剿海洋诸寇；又疏请改复枫岭营、浙闽分辖旧制（蚕尾续文集）。
思明州每月每户本输米一斗，自二月起，每户再加一斗。刘国轩请停文武俸以给兵饷（海上见闻录）。
二月，郑经兵犹据厦门、金门，上欲乘胜厚集舟师，规取二岛，以图澎湖、台湾。又以曩时征取金、厦，曾用荷兰国夹板船；特谕荷兰国王，令具夹板船二十艘，载劲兵协力攻取二岛。至是，康亲王杰书等议奏：战舰水师未备，荷兰国舟师又不能预定来会时日，势难急图。上斥之（东华录）。
康亲王杰书等奏：据总督姚启圣等启，进取金、厦须发江、浙巨舰二百艘，增闽省兵二万，迅调荷兰舟师来会，方可大举。进剿之期，必俟入秋北风起后。从之（同上）。
刘国轩、吴淑、何钻等复用船四十余只带众渡河，图攻榴山寨，并欲夺江东桥。提督杨捷会同平南将军赖塔等率兵分两翼压陈督战，官兵冲至下坑山、欧溪头各山上，郑氏从山下遯走。官兵紧追，阵斩一千有余，获盔甲、旗帜等甚多（平闽纪）。
三月，杨捷奏：会同平南将军赖塔等于下坑山等处击败逆贼，擒斩甚多（东华录）。
康亲王杰书等奏：已将征调舟师敕谕，令荷兰国人赍往；因赶塘、石碑洋诸地为海寇所阻，不得行，故未达而还。上谕诘责（东华录）。
总督姚启圣奏：伪总兵廖琠、黄靖等众据水晶坪，联络山海寇贼，为害地方。臣遣官招抚廖下岗工人琠等率伪官三百余员、兵一万二千余人，诣军前降（同上）。
国轩侦知姚启圣欲据果堂寨以迫江东桥，即同吴淑发兵入据其寨；漳兵至，击走之（海上见闻录）。
四月，陈永华启请以经子克■〈臧上土下〉为监国；时年十六，号曰监国世孙（同上）。
湖广岳州水师总兵官万正色奏闽海情形、水陆战守机宜。上谕：万正色剿寇洞庭，着有劳绩，今岳州、长沙诸处悉已恢复，无烦水师；且万正色闽人，稔知水性。兹剿海寇之际，从优加太子少保，调为福建水师总兵官，率所部官兵克期速赴闽中。旋以万正色为福建水师提督，统辖全闽水师营务。
总督姚启圣奏：伪总兵郑奇烈率伪官五十三员、兵丁千余投诚。
双头洞系浙、闽交界，贼首陈超万等啸聚。总督姚启圣会同提督杨捷、抚臣吴兴祚于五月初九日至流江地方，水陆夹击，大败贼众，杀伤无数，获其船只器械。
五月，康亲王杰书奏：伪总统刘国轩等侵犯江东桥，平南将军赖塔等统官兵迎击，贼败走太平寨。
初，湖南用兵，令江南造鸟船百艘送岳州军前。至是，岳州既复，上谕万正色赴闽时即领在岳鸟船并水手以行；至江南、浙江，更选战舰百艘携往，以资进剿（以上东华录）。
六月，郑氏将杨忠等会合深沪，图窥犯；游击刘国兴率各营三路夹击，败之。杨忠被箭落水，擒其副将杨德，阵斩一千余名，焚毁大小船七只；斩其官四员，生擒一十八员（平闽纪）。
郑时英驻东石督饷。时禁界盐贵，居人多私来东石贩盐；时英献策，欲掘沿海盐埕，则利尽归于我。经乃檄林升、令杨忠往浔尾掘南北盐埋。忠至，舍舟登岸，连掘两日夜。竿头守将密请泉城大队兵至，四面合攻，忠力战不支，殁于海，余死伤逃亡过半。界禁既严，私贩亦绝（海上见闻录）。
七月，国轩筑浔尾寨，一夜而成；同安兵至，击走之（同上）。
八月，福建总督姚启圣奏：郑经志必不降，断不可遣人招抚。刘国轩乃贼中巨帅，颇能用兵，请赦其前罪，授以公爵。吴淑本无反志，由部将迫胁，请赦其前罪，授以侯爵。至伪总兵陈昌、林升、江钦、吴潜均请畀以总兵官，实授管事。此数人若解体投诚，则郑经势孤，海寇根株立可芟灭（东华录）。
福建巡抚吴兴祚奏：招抚伪总兵蔡冲琱等三员、伪官八十五员、兵丁一万二千五百一十七名，招回岛民三千一百九十余名。共获大小船六十只，分拨水师营用（同上）。
九月，泉州马步数千攻东石。时施廷、陈申守东石，散卒祗三百余人。施廷被创，陈申战死，兵民赴海死者无数。泉州兵仍筑三寨，犄角以守（海上见闻录）。
江南贼吕贵、苏亮等率伙三千余众，骤犯崇安汛，据险结巢，与郑氏遥为声援。游击李英会同各营官兵暨崇安县知县金章鼓励乡壮，直下新岭，攻破贼寨木城二十六座，斩伪将谢瓒郎等五员、杀贼八百余人、生擒二十六名，搜获器械无算（平闽纪）。
十月，谕康亲王杰书曰：海寇窃踞海澄，倚厦门、金门为营窟，骑兵无所用其力；惟藉水师楼橹攻取，甚属紧要。今因荷兰国之船未至，故前议不行。近者，福建绿旗兵丁渐增数倍，即无满兵，止以绿旗兵丁剿灭贼寇，未为不足；见在福建满兵甚多，应即撤一半以省粮饷。但耿精忠尚在闽中，虞有意外之变；王当开谕精忠，令其陈奏请安，诣京陛见。倘精忠因王之言具奏，可令其自来；若精忠未能即行，王不可独率满兵一半先回。此事关系甚为重大，王当详筹具奏（东华录）。
国轩离漳州城五里而军。援漳兵共十余万，国轩兵亦有万余；营垒咫尺相望，指挥自如，诸军畏之如虎。国轩以果堂要地，于果堂后版尾地方再筑一寨。工未就，援兵数万齐至，锐不可当。国轩与吴淑、何佑、林升、江钦兵不满二千，奋勇死斗。日午至申，冲击数迭。国轩戒依寨，且守且战，斩章京石儿等；其余带伤以数千计，始引回。国轩时纵卒渡河冲击，身登士阜，据胡床，张盖而观之。又善用间谍，敌人纤悉必知，时谓之「刘怪子」。姚启圣遣人至海上议息兵，又说国轩使罢兵就抚，国轩巽词以谢。启圣设修来馆，悬重赏，海上文武兵将来者俱偿银有差。时诸军缺粮，国轩一切不禁，头领与兵下、长发与短发，往来循环，国轩兵额亦不缺。十一月，吴淑守版尾寨（三藩纪事本末作萧井寨），清兵筑垒环攻，淑处之晏如。身被伤，复病，时值阴雨，新筑垣垒多坏，挥左右避之，自踞床而卧。八日夜二更，墙倾压死（纪事本末作十月事）。舁至思明州，经亲临哭之，以其子吴天驷为建威左镇，统其兵。时官军战舰皆集，万正色谋于兴祚曰：『子沿海与之上下，吾张水师；以诸将之锐，方船以逼海坛，子攻其陆、吾薄诸水，破之必矣』（海上见闻录、三藩纪事本末、小腆纪年）。
宣义将军尚之孝奏：康亲王咨称福建、江西接壤之地，尚有逆贼江机、杨一豹扰害建宁、邵武诸处，令臣速进兵剿灭。臣星夜至汀州，整顿甲兵进剿。
福建总督姚启圣奏：臣以进攻厦门、金门等岛，酌拨兵一万四千名赴水师提督万正色军前；第沿海诸汛地兵力单弱，请召募新兵补额。
福建提督杨捷奏：江西贼首伪都督吕贵等率贼三千余人犯崇汛，建宁城守游击李英破贼于岑阳山，悉歼其众（以上东华录）。
十二月，姚启圣、吴兴祚大集舟师攻厦门，题请水师克期协攻。经以林升为总督、朱天贵为副，率诸军御之（海上见闻录）。
福建水师提督万正色奏：新船虽竣，旧船尚在督修，且檄调诸路兵及炮手犹未悉至，臣先以新船配官兵赴定海训练，俟舟师辏集，水陆夹攻。上谕：江南总督阿席熙速选善用炮者二千人送该提督军前，福建总督姚启圣等亦速修整舟舰。万正色其严饬将士，凡大兵所至，务当抚绥被寇之人，毋妄肆淫掠，负朕恤民至意。
又奏：臣标前后已设官兵，尚余新募水师万余，请增置援剿左、右、前、后四镇，各设总兵等官，即以投诚总兵林贤等补授。下议政王大臣等集议行（以上东华录）。
十九年（永历三十四年、一六八○）正月，万正色率总兵林贤、陈贤、黄镐、杨嘉瑞督舟师出闽安。郑经命左武卫林升督援剿左镇陈谅、左虎卫江胜、楼船左镇朱天贵御之。升畏官军之众也，分船三十号守海坛，自统船六十号泊泉州；天贵争之不得。二月，万正色至海坛，海船逆战。正色分前锋兵为六队，直冲而入，亲统巨舰继之；又以轻舟绕出其左右，并力夹攻，炮火齐发，击沉贼船十六艘，溺水死者三千余人，余皆溃遁至泉州。正色至围头，朱天贵以七船冲入，所向无前。俄海风大作，正色收各船入泉州港，沿海岸上安炮。朱天贵船无所取水，乃退至金门。经所亲幸施福密通姚启圣，欲为应，使降兵数百人挈眷来归，乘机举事。国轩谍知，启经收杀之，并及施济（福即施亥）。经议拨国轩兵三千，配小船直入泉港攻万正色，使人持令箭抽兵。时兵久无粮，遂溃，国轩禁不能止（海上见闻录、小腆纪年、东华录）。
初，刘国轩聚屯于狮子山、玉洲湾等处，又联络乌屿桥、充龙堡各处之兵，以壮声援。提督杨捷亲带马步精兵于十七、十八两日攻乌屿桥等寨，均获全胜；复前往同安县所属高浦所安营，驰回漳州会剿，攻破玉洲、三汊河、石玛、陈州、马州、湾腰山、观音山、展旗等十九寨（平闽纪、东华录。三藩纪事本末作姚启圣事）。
郑经久踞海澄，杨捷会同将军赖塔等分水陆三路进攻，刘国轩率众堵御。官兵一面进攻、一面招降。其总兵苏侃欲降，陈昌不肯，城内自相并杀。官兵二十四日乘势攻门，苏侃接引入城，率其兵二千一百余名投诚，生擒其总兵杨吉等一十一员名。国轩与陈昌等收拾余众下海（平闽纪、海上见闻录）。
二十六日，岛中兵变掳掠。经焚演武亭，尽率诸将登舟。二十九日至澎湖，协理五军吴桂聚散卒据厦门，以待清兵（海上见闻录）。
水师提督万正色既复海坛，朱天贵遁据南日、湄州等屿。复自海坛进剿，天贵南遁。尾至平海屿，天贵复合伪将军林升驾■〈舟宗〉三百余只踞崇武屿，率■〈舟宗〉迎战。正色击沈其■〈舟宗〉二十余只，阵斩伪总兵吴丙、伪副将林勋等，克复湄州、南日、平海、崇武诸屿（东华录）。
海澄既复，郑氏将吴桂、罗士鉁、吴天禄各率众投诚，并愿效力前驱。杨捷飞咨督抚将军，调拨满汉将弁配坐船只，从浔尾进兵。即令吴桂等协同官兵，从海澄一路进。二十七日，防守厦门总兵黄瑞、张雄等率众降（平闽纪）。
康亲王杰书奏：海中大定、小定地方，偪近厦门、金门，系我师必由之道；郑经遣伪将军张志屯粮聚众，欲踞此地，以与我师相拒。臣遣驻防杭州副都统吴申巴图鲁率满洲绿旗官兵齐进，大定、小定悉行恢复（东华录）。
经回至东宁。经母董氏召经数之曰：『冯陈之业衰矣，犹有先君黄洪之刃；若辈其庸可赦乎？不才子徒累维桑，则如勿往也』（小腆纪年）！
耿精忠疏请入觐。得旨：着来京。以马九玉为福州将军，辖藩下兵（逆臣传、东华录）。
五月，东宁地有声如驴鸣，半路店雨雹大如鸡子，灾异数见（海上见闻录）。
六月，康亲王杰书奏：伪将军江机等聚众恃险，通连海寇，为福建、江西、浙江三省之害巳久。今福建巡抚吴兴祚等宣示招抚，江机等率领伪官一千一百三十八员、兵丁四万三千六百二十九名投诚，各分别归农补伍。
姚启圣奏：伪总兵马兴龙就抚复叛，贼■〈舟宗〉往来铜山、南澳等处。臣密遣总兵朱光祖招抚伪将军朱天贵等，谕以如遇马兴龙，用心糜絷。今朱天贵已暗拘马兴龙父子及弟五人沉死海中，各伪镇始随朱天贵投诚（以上东华录）。
七月，郑氏部将陈永华病故（海上见闻录）。
八月，叙招抚海寇功，加福建总督姚启圣兵部尚书衔（东华录）。
谕兵部：台湾澎湖暂停进兵，令总督巡抚等招抚贼寇；如有进取机宜，明晰具奏。
姚启圣奏：伪将军杨彪（即杨一豹）率领伪官兵三万一千余员名投诚（以上东华录）。
二十年（永历三十五年、一六八一）正月二十八日，郑经卒于承天府行台。三十日，冯锡范、刘国轩调兵驻承天府，会六官议立嗣。董氏与诸子收监国印，克■〈臧上土下〉不肯与；众议以克■〈臧上土下〉乃乳母抱养之子，非亲血脉，乃缢杀之。妻陈氏，亦自杀。二月一日，董氏率世子克塽登位，时年十二；冯锡范，其妻父也。百官朝贺毕，董氏起出位，谕所以诛监国故，以世子克塽托冯、刘等竭力匡扶，涕泪沾襟。以冯锡范，为忠诚伯、刘国轩为武平侯（国轩初以破海澄功封武平伯，至是封侯），大赦国中。先是贝子赖塔与经书曰：『自海上用兵以后，朝廷屡下招抚之令，而议终不成，皆由封疆诸臣执泥削发登岸，彼此龃龉。台湾本非中国版籍，足下父子自辟荆榛，且睠怀胜国，未尝如吴三桂之僭妄，本朝亦何惜海外一弹丸地，不听田横壮士逍遥其间乎？今三藩殄灭，中外一家，豪杰识时，必不复思嘘已灰之焰，毒疮痍之民。若能保境息兵，则从此不必登岸、不必薙发、不必易衣冠。称臣入贡可也，不称臣、不入贡亦可也。以台湾为箕子之朝鲜、为徐市之日本，于世无患、于人无争，而沿海生灵永息涂炭。惟足下图之』！经报书请如约，惟欲留海澄为互市公所。姚启圣不可，议遂格。而经自兵败东归，潦倒抑郁，日近醇酒、妇人。至是卒，台人所称永历三十五年也；年三十九，凡嗣位十九年。长子克■〈臧上土下〉，实乳婢出，经以陈永华女配之；用永华言、命监国。礼贤下士，谨法令，物望归之。而群小惮其明察，经诸弟亦不利其立；冯锡范先以计罢永华兵柄，永华郁郁死，克■〈臧上土下〉失助，遂共谗诸董氏，杀之。以次子克塽嗣为延平王，幼弱不能莅事，诸务皆决诸锡范，人心益离（海上见闻录、小腆纪年）。
二月，福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚奏请开边界，俾沿海人民复业。得旨：厦门、金门诸处已设官兵防守，应如所题，照旧展界。如有奸民借此通贼者，仍令严行察缉。
叙克海坛、厦门、金门功，给吴兴祚拜他喇布勒哈番、又一拖沙喇哈番，万正色拜他喇布勒哈番，余升叙有差。
六月，谕总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等：郑经既死，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾；其与将军喇哈达、侍郎吴帑春同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。
七月，谕议政王大臣等：原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形；可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子太保，前往福建。
到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师，进取澎湖、台湾。其万正色改为陆路提督，诺迈还京候补。
十月，施琅奏：督抚均有封疆重寄，今姚启圣、吴兴祚俱决意进兵，臣职领水师征剿事宜，理当独任，但二臣词意恳切，非臣所能禁止，相应奏闻。得旨：姚启圣统辖福建全省兵马，同施琅进取澎湖、台湾；巡抚吴兴祚有刑名、钱粮诸务，不必进剿（以上东华录）。
十二月，叙恢复海澄、厦门、金门十九寨功，授杨捷三等呵达哈哈番（东华录）。
初，经在厦门时，姚启圣赂其嬖人施亥，令擒经以自归，不果。及克塽立，而经母董氏卒，冯锡范主国事，刘国主兵事。宾客司传为霖密约十三镇同日发难，事泄。十一月，诛传为霖及同谋商寿、陈国威，尽杀其子弟；续顺公沈瑞令自经，家属入官。国轩居台，被刺者再，都氏益惶骇不知所为。姚启圣奏：经死，子少国乱，时不可失；水师提督施琅习海道，可用。内阁学士李光地奏亦同（海上见闻录、小腆纪年）。
二十一年（永历三十六年、一六八二）正月，施琅至闽，于厦门各处调兵整船。刘国轩以铳船十九号、战船六十余号、兵六千人拨诸将守澎湖，身往来督视（海上见闻录）。
二月，调董国兴为福建巡抚。
福建提督施琅奏：夏至南风盛发，不可进兵，请至十月大举。上命议政王大臣集议；佥谓师期不便屡迁，应檄总督姚启圣、提督施琅克期于夏至后进取台湾。得旨：进剿海寇，关系重大，总督姚启圣、提督施琅身在地方，将海面形势、贼中情状审察确实，如有可破可剿之机，毋失机会（东华录）。
七月，刘国轩归自澎湖，安平镇火（海上见闻录）。
八月，福建总督姚启圣奏：闽省有绿旗兵，又有汉军甲兵，进取台湾、防守地方，业已足用，大兵宜撤回。上命将军喇哈达等尽率福建大兵还京师（东华录）。
十月，台湾饥（海上见闻录）。
福建提督施琅奏：臣于水师营中简精兵二万余、战船三百艘，已足破灭海寇；请命督、抚赶办粮饷给臣军，独任臣以讨贼，无拘时日。臣整理舟师，时加操练，但遇风利，即可进兵（东华录）。
十二月，承天府火灾，沿烧一千六百余家。米价腾贵，民不堪命（海上见闻录）。
是年，浙江总督李之芳会题枫岭营属浙、闽分辖，永为定制（李文襄年谱）。
二十二年（永历三十七年、一六八三）正月，冯锡范备兵鹿耳门（海上见闻录）。
二月，台湾米价大贵（同上）。
以金鋐为福建巡抚。
福建提督施琅奏：进剿台湾，选派水陆官兵已足办贼，平阳总兵官朱天贵所部之兵，似不必更留福建，虚糜粮饷；请发回原汛。得旨：提督施琅进剿台湾，深入海岛，朱天贵及原带官兵仍留福建，在后策应，听凭施琅调遣。
五月，刘国轩率师至澎湖。先是，姚启圣奏：刘国轩遣伪官黄学赍书至，请照琉球、高丽等外国例称臣进贡，不薙发登岸，应否如所请？请旨定夺。上不许（以上东华录）。
六月十四日，施琅自铜山开船，大小五百余号，姚启圣拨陆兵三千随征。十五日，到八罩。十六日，进攻澎湖。国轩帅兵屯风柜屿、牛心湾，别遣林升等屯兵鸡笼屿，沿岸筑垒环二十余里，间垒列炮，星罗碁布，并巨舰数十以待。诸将皆望风逡巡，惟提标蓝理、曾成（一作诚）、张胜、正黄旗侍卫吴启爵、同安游击赵邦试、海坛游击许英、铜山游击阮钦为以七船冒险深入鏖战，纵火焚舟。琅恐有失，急将坐船冲入，内外夹攻。国轩分两翼击之，集矢琅目几殆，力战始解，琅同七船随流而出。时天色将晚，遂在西屿头洋中抛泊。明早，舟次于八罩。国轩闻而喜曰：『谁谓施琅能军？天时地利，莫之能识。诸君但饮酒，以坐观其败耳』！盖澎湖六月数起飓风，无三日晴朗；而近澎湖岛，下有老石槎枒若铁树，削利无比。凡泊舟，遇风起立破。乃停泊数日，竟浪静风恬。十九早，移至虎井；琅聚小舟于内外堑峙间，密觇形势。澎水故咸，乃王师云集，泉水忽甘，众有益奋。于是再申功令，严明赏罚。命总督陈蟒等领船五十号从东畔峙内直入四角山，又令总兵董义等领船五十号从西畔内堑直入牛心湾，以为疑兵，示以若登岸者。琅自率诸镇将，部署大船五十六号居中，分为八股排；入余船以次而进，以为后援。二十二日巳刻，南风大发，南流涌起，遂下令扬帆联进。国轩发火矢喷筒，烟焰蔽天。官军裹创力战，无生志；风利舟快，瞬息飞驶，居上流、上风之势，压挤攻击，一可当十。亦多用火器火船，乘风纵发；国轩舟焚毁殆尽，阵斩林升、邱辉、江胜、陈启明、吴潜、王隆等，兵士死者万余人。国轩见势蹙难支，遂乘小舟从北面吼门逸去。琅前锋朱天贵中炮而死，水陆官兵亦阵亡三百二十九员，带伤者千余员名。然国轩败回，群情汹汹，魂魄俱夺。先是，有道士黄性震自言能得国轩要领，启圣官以千户，使奉密书招之；国轩以书报性震，故泄之，于是上下解体。琅驻师澎湖，休劳士卒，收拾船只，为进取台湾计。下令：有戮降卒者抵死。于是诸岛投戈者数千人皆厚恤之；有欲归见妻子者，令小船送之。降卒相谓曰：『施军门肉我白骨矣』！归共传述之，台湾民众惟恐王师之不早来。克塽与锡范泣相谓曰：『民心既散，谁与死守？浮海而逃，又无生路！惟有求抚一策耳』。乃遣郑平英、林惟荣、曾蜚、朱绍熙赍乞抚书表，于闰六月八日至军前，且求听居台湾；琅不许。七月十五日，克塽复遣冯锡珪、陈梦炜、刘国昌、冯锡韩同至军前，一遵教令。琅令侍卫吴启爵及笔帖式常在同冯锡珪等前往台湾见克塽，谓之曰：『足下退居岛屿，原与三王不同（谓吴、耿、尚）。三王国家叛臣，罪在不贳；足下三世仗义于海澨，亦人所难。今若向化归德，使海宇廓清，朝廷必有格外殊恩，当不失爵禄也』。国轩曰：『澎湖之役，天也，非人也。谁敢复有异志』？遂下令兵民剃发（海上见闻录、三藩纪事本末、小腆纪年）。
八月十三日，琅至鹿耳门；国轩使人除道，迎入。十八日，赍延平王金印一、招讨大将军金印一、公侯伯将军银印五，籍土地、户口、府库、军实诣军门降。克塽嗣立凡二年，时年十五。自成功至克塽凡三世，奉永历正朔三十八年，而明朔亡。其故明监国鲁王世子桓、泸溪王慈旷、巴东王江、乐安王俊、舒城王着、奉南王熺、益王宗室镐亦诣军门降。宁靖王术桂叹曰：『是吾归报高皇之日也』！具冠服北面再拜二祖列宗，招台人别饮，舍所居为佛寺，从容投缳死；妾袁氏、王氏、秀姑、梅姐、荷姐殉之（台湾府志云：术桂字天球，太祖九世孙，辽王后长阳郡王次支也）。先十日，台湾有大星如斗殒于东南。至是，施琅刑牲告于延平王郑成功之庙曰：『自同安侯入台，台地始有居人。逮赐姓启土，始为岩疆，莫敢谁何。今琅赖天子威灵、将帅之力，克有兹士；不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职分也。独琅起卒伍，与赐姓有鱼水之欢；中间微嫌，酿成大戾。琅于赐姓，翦为仇雠，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已』。语毕，投地大恸。疏请经略台湾，略云：『所有郑成功之子伪辅政公郑聪等六人，郑经之子克塽及其弟■〈与上土下〉伪恭谨侯郑克等九人，伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范等子弟及明裔朱桓等十七人，并绩顺公下官兵家口、海澄公家口，俱拨船配载官兵，陆续护送，归之京师，听候安插。其余伪文武各官家口，见在趣令起行。兵丁有愿入伍及归农者，听其自便。至于江、浙、闽、粤各省被获男妇，已悉令回籍。其册印札付，已次第追缴。仓库、人民、户口、册籍、船艘、军器俱令巡海道等察收，下所司知之』。克塽至京师，授汉军公，锡范汉军伯，国轩天津总兵，亦封伯，何佑梧州副将，克塽弟克■〈与上土下〉准开牛禄，叔郑聪等俱以三品、五品食俸，随旗收其地。琅受降时，由海道报捷，七日抵京；而姚启圣由内地驰驿，后二日至。上加授琅靖海将军，封靖海侯世袭（三藩纪事本末、东华录、小腆纪年、皇朝武功纪盛、台湾旧志）。
十月，命吏部侍郎杜臻等往闽、粤、江、浙勘沿海边界，招垦荒地，复诸迁民业。初，康熙十九年六月，福督姚启圣上疏，言投诚之众，率皆前日迁徙之民。若不给与俸饷，无以安其身心；欲给之，则有限金钱，不可为继。若令归农，又多无农可归，势必复去而为盗。以臣愚虑，莫若将界外田地，尽行给还。方今海外要地，已设提督总兵大臣，重兵屯守，是官兵在外，而投诚在内，夫复何虑。且彼等乐得故土，人人有安土重迁之思，即迫之为盗亦不可得矣。至是，得旨：沿海田地，应给民耕种；其紧要地方，仍应防守。因议当行四事：察濒海之地以还民，一也；缘边寨营锋堠向内地者，宜仍徙于外，二也；海壖之民以捕鲜、煮盐为业，宜并弛其禁，三也；故事：福建漳州府通市舶，行贾外洋，以禁海暂阻，应酌其可行与否，四也。于是福州、兴化、泉州、漳州等四府、福宁一州所属十九州岛县原迁界外田地共二万五千九百四顷零，自康熙二十年展界，至二十二年止，已经垦复四千八百八十六顷零。尚余未垦田地二万一千一十八顷零，并额外老荒七百零顷，共二万一千七百一十八顷零，并交地方官；有原主者令其复业，无原主者招徕劝垦。据州县陆续呈报，归业丁口四万八百有零，承垦田地一万七千一百三十二顷零。其丁口花名及地荒、老数目并盐田、灶田、屯田分晰数目，听该府造册另报，令其照例起科。惟海禁仍行禁止（粤闽巡视纪略、东华录）。
十二月，调施维翰为福建总督（东华录）。
二十三年（一六八四）四月，差往福建料理钱粮侍郎苏拜会同福建督抚、提督等奏：台湾地方千余里，应设一府曰台湾，三县曰台湾、凤山、新罗，一厅曰澎湖，设巡道一分辖。应设总兵官一、副将二、兵八千，分为水陆八营。澎湖应设副将一、兵二千，分为二营。每营各设游、守、千、把等官。从之（东华录、三藩纪事本末）。
五月，调王国安为福建总督，裁浙江总督。
九月，兵部题：原任福建提督姚启圣修理兵船兵器，浮冒钱粮四万七千余两，应行追赔。得旨：姚启圣攻取台湾有劳绩，着免其追赔。
二十四年（一六八五）三月，福建提督侯施琅奏请恤赏进剿澎湖伤亡兵丁。上谕：此等贫兵，早给一日恤赏，使得早受一日实惠。此后着一概速行议恤（以上东华录）。
——录自福建通纪卷十三。
二十五年（一六八六）四月二十日，台湾地大震（东溟文后集）。
以张仲举为福建巡抚。
二十六年（一六八七）三月，大学士等奏：浙江福建总督一缺已改为福建总督，然浙江、福建皆系近海地方，请仍改浙江总督为浙江福建总督，似属有益；从之。
调王新命为浙江福建总督。
丙申，以王隲为福建浙江总督。
二十七年（一六八八）九月，命台湾文职员缺准该抚于闽省见任官内拣选调补。
四月，命台湾铸钱。
五月，以兴永朝为福建浙江总督。
二十九年（一六九○）六月，以卞永誉为福建巡抚。
三十一年（一六九二）十二月，以朱宏祚为浙江福建总督（由广东巡抚迁）。
三十四年（一六九五）二月，以郭世隆为浙江福建总督（以上东华录）。
三十五年（一六九六）七月，新港民吴球谋乱，伏诛（台湾志略）。
三十六年（一六九七）四月，以宫梦仁为福建巡抚。
十一月，福建巡抚宫梦仁居官劣，着解任。以张志栋为福建巡抚。
三十八年（一六九九）二月，免福建台湾府属上年水灾额赋有差（以上东华录）。
台湾吞霄土官卓个、卓雾、亚生作乱。五月，淡水土官冰冷杀番社主账金贤等。七月，水师袭执冰冷。八月，署北路参将常泰以岸里社番击吞霄，擒卓个、卓雾、亚生以归，斩于市。初，通事黄申于吞霄征派无虚日，社番苦之。土官卓个、卓雾、亚生鸷而骁，阴谋作乱。会番当捕鹿，申约计日先纳钱米而后出。卓个等鼓众大噪，杀申及其伙十数人。镇道遣使招谕，不得入；乃发两标官兵，委常泰进剿。而新港（属台湾县）萧垄、麻豆、目加溜湾（属诸罗县）四社番（在郑氏时为四大社。其子弟能就乡塾读书者，蠲其徭，欲以渐化之。四社番亦知勤稼穑，务蓄积。又近郡治，习见城市居处礼让，故其俗于诸社为优。萧垄近海，不当孔道，尤富庶）为前导，个、雾等阻险据守，四社番死伤甚众。有献计者曰：『岸里社番穿林箐、越阔谷如飞，擒个、雾非此不可』。时岸里社尚未内附，乃遣译者入说其魁，多致糖烟银布。番大喜，自以收捕为功；绕出吞霄山后，日有擒获；官军攻其前。个、雾等大窘，逃入山内，岸里番设伏擒之；至郡，尸诸市，传首以示诸番。是役也，劳师七阅月，官军被瘴死者数百人。冰冷者，淡水内北投土官麻里郎吼婚姻也。麻里郎吼有女字主账金贤，贤将娶之，其父怜其女幼也，弗与，告贤曰：『俟长以归汝』。贤缚丈人于树而挞之，麻里郎吼以愬冰冷而泣。冰冷故凶悍，率众射杀贤；诸与贤善者皆杀之。时方征吞霄，冰冷遣使与个、雾等通。有水师百总者，巡船至淡水，闻变，潜泊海口，冰冷未之觉。百总遣他社番诱以货物，伏壮士水次，缚之，亟登舟。比诸番出护，已挂帆矣。会吞霄平，诸番以首恶既诛，因通事求抚。百总惜失其名（台湾旧志）。
三十九年（一七○○）十月，以梅鋗为福建巡抚（东华录）。
是年，仁皇帝诏曰：朱成功系明室遣臣，非朕之乱臣贼子，敕遣官护送成功及子经两柩归葬南安，如田横故事；置守冢，建祠祀之（考曰：云归葬者，挈棺入京，行献俘礼。小腆纪年）。
四十年（一七○一）十二月，诸罗刘却作乱，伏诛。却为管事，以拳棒自负，日与无赖恶少往来，歃血为盟。久之，其党有谋不轨者，以为非却众莫从，乃深夜燃樟脑，窃置却屋，瓦火上烛，召同盟者示之曰：『刘大哥舍中每夜红光烛天，非常兆也』。会却家神炉无故发火，众曰：『此不君、即帅耳』。却心动，穴地于舍，佯置田器，冶铁为刀鎗各械，约日举事。腊月七日，扬旗击鼓，毁下加冬营，散其兵；乘夜抵茅港尾，掠市中货。乱民及诸番乘机四出劫掠，破家者甚众。却退屯急水溪，北路参将白通隆整众御之，镇、道两标并发兵应援。越五日，官兵大集，战于急水，却大溃，生擒其党陈华、何正等。却走匿山薮，常昼伏夜出。四十二年二月，擒获于笨港之秀庄。师还，斩却于市，并其长子杖杀之，妻孥皆发配（台湾旧志）。
四十一年（一七○二）十月丙午，以金世荣为浙江福建总督。
四十三年（一七○四）十月，以李斯义为福建巡抚。
四十五年（一七○六）三月，福建巡抚李斯义奏报台湾、凤山、诸罗三县旱灾。上谕：台湾地方洼下，一遇亢旱，即至歉收；着将台湾等三县粮米全行免蠲。
五月，谕：闽省海疆与台湾相近，总督职任，必得才兼文武之人乃可。原任总督金世荣为人忠厚，居官虽无恶处，然无才不能治事；去年福建小有旱灾，金世荣并未举奏。其奏改海中商舶式样，虽奉准行，亦不能改，殊有忝总督之任矣。
四十六年（一七○七）三月谕吏部：福建巡抚员缺甚为紧要，张伯行为人笃实，即在行间亦非退缩者，着升为福建巡抚。
四十七年（一七○八）二月，免福建台湾等三县上年旱灾额赋有差（东华录）。
是年，巡抚张伯行疏请将台湾县康熙四十六年分应征额粟三万三千八百九十二石六斗零、凤山县应征额粟四万二百五十八石四斗、诸罗县应征额粟三万三千五百四十五石三斗零，于四十七、八两年带征。所征前项额粟，仍汇入各年奏销册内一并报部查核，以舒民力（正谊堂文集）。
四十八年（一七○九）十一月，以许嗣兴为福建巡抚。
四十九年（一七一○）九月，谕吏部：福建巡抚许嗣兴才力不能任事，着解任；福建巡抚着浙江巡抚黄秉中调补（以上东华录）。
五十年（一七一一）九月十一日，台湾地震（东溟文后集）。
十月，谕福建巡抚黄秉中：台湾府属五十年应征稻谷已经征完，在官虽蠲免，于小民无益；其应征康熙五十一年稻谷，着行蠲免。
十一月，以觉罗满保为福建巡抚。
五十一年（一七一二）二月，浙闽总督范时崇等列款纠参革职福建提督蓝理贪婪酷虐，流毒士民，应请拏究。十一月，上命侍郎觉和托等将蓝理带往福建会审。至是，觉和托察审蓝理霸市抽税，婪脏累万，被害不止一家，流毒已极，应拟斩立决。得旨：蓝理应依议处斩，但在台湾澎湖对敌之时，奋勇向前，着有劳绩，着从宽免死，调取来京入旗（以上东华录）。
五十二年（一七一三），以台湾军兴，减免福建各属田租（石渠余纪）。
五十四年（一七一五）十一月，以觉罗满保为福建浙江总督。
十二月，调陈璸为福建巡抚。
五十五年（一七一六）五月，福建浙江总督觉罗满保奏：据台湾镇道详报：南北生番四千七百余口倾心向化，愿同熟番内附。得旨：着地方官加意抚恤，倘有侵没扰害者，该督抚即行指名奏参，从重治罪。
五十七年（一七一八）二月，免福建台湾等三县去年旱灾额赋有差。
五月，兵部议准福建浙江总督觉罗满保奏台湾一郡有极冲口岸九处，应修筑炮台十一座，内中路之鹿耳门为全台咽喉出入要口、安平镇为台湾水师三营驻扎之所，旧有红毛城一座，见在补筑城垣，其余等处亦见在修葺；有次冲口岸十五处，应修炮台一十八座。再查澎湖地方实为台湾门户、金厦藩篱，有极冲口岸四处，内如妈祖澳原有新城一座，见在修葺，其余等处应筑炮台七座；有次冲口岸五处，应筑炮台三座，酌拨官兵巡守。北路之淡水、鸡笼为贩商要路，又为台郡后门，向系台郡水师左营汛地，并未安兵屯驻；请于台湾各营额兵内酌量抽调兵五百名、战船六只，设立淡水营，令北路营参将管辖，并请移兴化城守右营守备驻防淡水，于台镇标中营拨千总一员、台协左营拨把总一员为淡水营千总，每年轮流分防鸡笼。从之。
以吕犹龙为福建巡抚（以上东华录）。
五十九年（一七二○）十月朔，台湾地大震。十二月八日又震十余日，房屋倾倒，居民多压死（东溟文后集）。
六十年（一七二一）四月，台湾民朱一贵作乱，总兵官欧阳凯、水师副将许云、南路参将苗景龙、游击刘得紫、游崇功、千总陈元等死之。一贵，长泰人，小名祖；游手无艺，好结奸宄。于康熙五十二年充台厦道辕役被革，居母顶草地，饲鸭为生。其鸭旦暮编队出入，愚民异之。无赖过者，辄款延烹鸭具馔，务尽欢。时承平日久，守土恬熙。台湾知府王珍兼摄凤山县令，委政次子，税敛苛虐。以风闻滥捕结会及私伐山木者二百余人，株连需索，民不堪其扰。于是凤山县民黄殿、李勇、吴外、郑定瑞等谋变，曰：『今地方官但知沈湎摴蒱耳，兵民瓦解；欲举大事，此其时乎』！以一贵朱姓，可托明裔。十九日，遂奉以起事，称「中兴大元帅」，率众数百夜袭冈山塘汛。二十一日，警报至郡，总兵官欧阳凯集将弁议出兵。中营游击刘得紫请行，不许令右营游击周应龙以兵四百及新港、目加留湾、萧垄、麻豆四社土番往。应龙躯干魁伟，议论风生，故主兵重之。是日微雨，应龙率兵番行五里即止，翌日再进十五里。一贵已于是夜出槟榔林劫防汛，戕把总，掠军械；而应龙隔一水不往救。一贵乃旁掠四出，南路民杜君英等起应之。二十二日，应龙兵至小冈山遇贼，千总陈元、把总吴益等奋力掩击，一贵败走入山。应龙收兵弗追，扎二滥，但传令悬赏购杀贼者。土番性凶残杀良民，纵火燔民居，死者无数，人心激忿，各乡树帜响应。于是杜君英、陈福寿、刘国基起淡水，郭国正、翁义起草潭，戴穆、江国论起下埤头，林曹、杜骞、林琏起新园，王忠起小琉琉，皆约一贵攻府治。君英合众袭南路参将苗景龙于下淡水，景龙败死。二十五日，应龙闻警往救，日行十五里。越日遇敌于赤山、君英、一贵两路夹攻之。方激战，应龙遽以后队退，陈元阵殁、吴益创重佯死、周应被擒、李硕负伤走，而应龙竟回府治。一贵大队随之，郡中大震。二十七日，欧阳凯、刘得紫、许云共率师千有五百出御，列营春牛浦以待。忽军中夜惊，镇兵四散。二十八日黎明稍集，然人无战心。逾日，敌兵大至；许云跃马陷阵，敌大败。时水师游击游崇功以兵入鹿耳门赴援，遇台厦道梁文煊、知府王珍等眷属登舟，叹曰：『官者兵民之望，官眷逃则人心散，大事去矣』！麾众驰春牛浦。五月一日，一贵、君英合队来犯。镇兵忽内乱，把总杨泰绰号达家勇者先通贼，刺欧阳凯坠马死；刘得紫被执，许云、游崇功等十余人皆死。水师游击张彦贤、王鼎等率兵千余人、战船四十余艘扬帆出澎湖，应龙复遁归内地，台道文煊以下尽奔澎湖。
一贵既入台郡，北路贼赖池、张岳等同日陷诸罗，参将罗万仓（一作苍）死之。凡七日而全台尽失。时台中贼党剽掠村社，半在线下多被蹂躏，所未至者惟南崁以北尔。淡水营守备陈策团练义勇，固守要害，擒杀乱民范景文等；又率淡水村义民侯观德、李直三等以乡兵破一贵贼数万，斩获万许。诸罗义民陈徽等亦起兵攻复县治，旋为贼陷。陈策遣人赴澎厦请兵。一贵等开府库。有红毛楼者，故荷兰据台时所筑，旧名赤嵌城；后郑氏以贮军火，四十年来莫有启者。至是发之，得大小炮位、枪弹、硝磺、铜铁无算。一贵乃自称中兴王，号永和元年；大封其众国师、太师、公、侯、都督、将军、尚书、总兵以下千计，优伶衣冠，辉煌道上。民间为之谣曰：『头戴明朝帽，身穿清朝衣；五月称永和，六月还康熙』。盖当日虽妇人孺子，亦知其不久也。
台中逃官及难民抵澎湖，澎协将弁皆仓皇失措，以为一贵将长驱至，亦各出眷属登舟，将窜厦门。右营守备林亮请主将掣回登舟各家属，诸将犹豫未决；亮按剑厉声曰：『朝廷以海外封疆付我等，今锋刃未血而相率委去，他日骈首市曹，宁能免乎？丈夫不死则已，死则死忠义耳！请整兵配船守要害，俟贼至决一死战。战不捷，公等归亦未晚』。乃驰出江干，申主将令，拔佩刀驱官民眷属各登岸，人心始固。时水师提督施世骠驻厦门，见难民船日至甚众，始知台变。而郡中文武窜至澎湖，喘息稍定，然后具文申报至厦，世骠即日率师出港。总督觉罗满保疾驰抵厦门，咨檄南澳镇总兵蓝廷珍。而廷珍条上进兵事宜之书至，所议悉与吻合，大喜曰：『吾调此君，平台得人矣』！责成巡抚吕犹龙调饷佐军，使廷珍总统渡台，水陆兵八千、船四百（一作六百）艘，会提督合兵进剿。六月一日师行，满保躬造海滨送之。廷珍意气激昂，从容语总督曰：『草寇不足烦区处，某一登彼岸，即可奏报荡平也』。初十日，抵澎湖，适降将吴良受一贵命谋取澎湖，赴世骠营前诈降。事觉讯之，尽吐党中情形，知其党内乱，一贵、君英互争雄长，谋相攻，百姓不附。廷珍言于世骠曰：『群盗皆乌合不足忧。但众至三十万，诛之不胜诛，且多杀无益；宜张示止歼渠魁，余勿问。则人人有生之乐、无死之心，可不血刃平也』。世骠然之，并戒将士登岸之日无得妄杀。十三日发澎湖，以守备林亮、千总董方为前锋，并率善水者十余驾小舟同前锋先行，于鹿耳门表记沙路，并载旗帜伏南北港。时贼以大炮扼险迎拒。十六日，舟师至鹿耳门外，先锋林亮、董芳以六舟冒死直进，遥望炮台火药累积；专以炮注攻，中之，轰发如雷，守台者死无数。众军齐集两港，悉树大军旗帜；潮水涨高八尺，廷珍率四百余艘连樯并进，直渡鲲身。敌将苏天威退保安平镇，与城守郑定瑞列队迎拒。林亮、董芳复先登陷阵，廷珍督大队继之，苏、郑败走，廷珍入镇城。次日，世骠始至。敌二次来犯，皆为廷珍击退。十八日，游击魏天锡等以轻舟载鎗炮、硝磺、烈焰于涂击埕、水仔尾等处烧贼巨舰。十九日，朱一贵遣李勇、吴外等率贼数万，驾牛车列盾为阵，复犯安平，贼目翁飞虎率所部乌龙旗冒炮火冲突。廷珍督战于二鲲身，而林亮等别以小舟载炮附岸夹攻，斩溺无算。自是，一贵等退入府治不敢出。有西港民某愿导兵由西港暗渡，出府治之背攻其巢；世骠遣亮、芳等以兵千二百往。次日，廷珍知其事，乃急言于世骠曰：『西港距府不远，呼召立应，又多竹林可埋伏；彼若以数千人分布要害，四面掩击，亮等一军危矣。宜遣将统大军继其后，方可万全』。世骠曰：『谁当此者』？廷珍曰：『非他人所能往，某不敢辞』。二十一日，率水师五千五百余，夜指西港进发。黎明在竿寮（一作官寮）乡登岸，令空舟悉回安平。诸将请其故，廷珍曰：『示军士必死无还心，今日战胜、明日直抵府治耳』。会敌在苏厝田，与林亮等正激战，廷珍严阵设伏而进。敌望见曰：『此老蓝旗帜也』！惊而溃。是夜，驻犁头标，料敌众必乘夜劫营，伏兵大败之。比晓抵城下，敌数万遁去。廷珍夜入城，秋毫无犯，民大悦；时二十三日也。自进兵至此，裁七日耳，遂复府治。廷珍报捷厦门，而世骠先于军中奏捷矣。世骠亦同抵城，获杀害欧阳凯、许云、罗万仓之杨泰、黄龙、陈碧三人，各付其子欧阳敏、许方度、罗世正等自行处死。
闰六月，总兵官蓝廷珍复分遣官兵扩清南北二路。游击刘得紫亦自贼中拔归大营，请为乡导；淡水营守备陈策率援淡水之兵南下诸罗，与大军合。北路贼党溃散殆尽。朱一贵走匿诸罗县尾沟庄（一作湾里溪），为村民擒献。惟逆党杜君英、杜会三（君英子）、陈福寿、江国论等尚未获；廷珍购得一二，皆善待之，使转招其党。旬日，先后出降，与朱一贵皆槛送京师，磔死。又缉捕盐水港、红毛寮、石壁寮、下淡水、竹仔脚等处土匪，分别正法，人心大定。其败逃之游击周应龙及弃台逃回之台厦道梁文煊、同知王礼、台湾知县吴观棫，诸罗知县朱夔俱讯明伏法。知府王珍剖棺枭示；游击张彦贤等亦解任，审明定拟。先是，朝廷得世骠捷奏，大喜，赐东珠朝帽、黄带四团龙补服；又擢淡水营守备陈策为台湾镇总兵，加左都督蓝廷珍仍总兵，留台湾弹压（以上平台纪略、圣武记、皇朝武功纪盛、二希堂文集、东溟文后集、台湾志略、清史纪事本末）。
七月，福建巡抚吕犹龙奏报：总督觉罗满保丁母忧。得旨：台湾新经恢复，一切整顿地方及调补官员等事急需料理，满保着在任守制。
水师提督施世骠奏：台湾所属南北两路地方，距府治遥远；臣抵台湾，随调参将林政等带兵进剿南路，游击林秀等带兵进征北路，再遣游击朱文等直趋北路朱罗山后追捕贼党。今据林政等报，南路贼众与台湾耕种粤民构难，于六月十九日在漫庄地方被粤民杀败。迨官军继至，乘势追捕，贼目郑廷瑞等已被千总阮钦、杷总李兴盛等擒杀，余伙尽皆逃散。据林秀等报，北路贼众于六月二十八日在大木降地方被官兵截杀，死者甚多，余众悉降（以上东华录）。
八月十三日，台地怪风暴雨，屋瓦齐飞；风雨中流火条条，竟夜烛天。海水骤涨，所泊台港大小船击碎殆尽，或飘上平陆。拔大树，倾墙垣。翌日霁，郡无完宅，压溺者千数。以风灾奏闻，发帑开仓大赈。施世骠终夜露立风雨中，疾作，以九月十五日卒于军。事闻，给还所降之级，并加宫保。所借藩库银一万两，着赏给，不必偿还。调广东提督姚堂代其任。时廷议移台镇总兵于澎湖，而设陆地副将于府治，裁水陆两中营归内地。廷珍力争不可，提臣姚堂亦以为言。乃仍令总兵镇台、副将驻澎，特命满汉御史各一员岁巡台湾，察民疾苦（平台纪略、圣武记）。
十月，上谕大学士等：台湾驻扎之兵，不可令台湾人顶补，俱将内地之人顶补。兵之妻孥毋令带往，三年一换。每年自京派出御史一员前往台湾巡查，凡有应条奏事宜亦可条奏。至地方事务，御史不必管理（东华录）。
冬，命择台臣廉静有才识者往巡视台湾，黄玉圃承命以行（望溪集）。
免台湾等三县风灾额赋有差（东华录）。
六十一年（一七二二）六月，以石文焯署福建巡抚。
十月，以黄国材为福建巡抚，以李树德为福州将军。
十二，着宜兆熊前赴福州，署理将军事务（以上东华录）。
世宗雍正元年（一七二三）正月，台湾逸盗杨合谋作乱，总兵蓝廷珍遣兵捕获之，余党悉散（台湾旧志）。
四月，中营千总何勉获逸贼王忠等，伏诛。忠等，一贵余党，逃傀儡内山。廷珍令外委郑国佐、林天成召番通事章旺入内山谕番众，不许窝留；于是忠等不敢复入番界。勉备历险阻，访知踪迹，遂擒忠及刘富生、陈郡等解省正法。诏授勉守备，寻升北路营参将，准袭两世拖沙喇哈番（台湾旧志）。
增设县一，曰彰化；并增设淡水厅（同上）。
设淡水同知主北路捕务，与彰化知县同城（沈文肃公奏议）。
八月，兵部议叙福建官兵克复台湾功。得旨：总督满保着兼兵部尚书职衔，提督施世骠着给与世袭一等阿达哈哈番，总兵官蓝廷珍着给与世袭三等阿达哈哈番；水师营副将许云阵亡，着给与世袭拜他喇布勒哈番；参将罗万仓、游击游崇功俱系阵亡，着给世袭拖沙喇哈番；总兵官欧阳凯着追赠太子少保，参将林亮着给拜他喇布勒哈番，游击董芳、守备何勉俱着给拖沙喇哈番。
三年（一七二五）正月，浙闽总督满保奏：台湾陈阿难、益难等六社生番归化，每岁照例以鹿皮代税。下部知之。
三月，觉罗满保奏：台湾及山后七十四社生番归化。
添设福建台湾府及彰化县儒学教谕，诸罗县罗汉门地方归台湾县辖。
七月，以宜兆熊为福建总督，调毛文铨为福建巡抚。
十月，调高其倬为闽浙总督。
四年（一七二六）七月朔，谕：毛文铨奏福建阙米，有土棍抢米之事。此省上年奏称丰收，并未云荒歉。且据黄国材称，福建积榖见有一百六十余万石，而毛文铨乃奏请于江西采买米石。黄国材、毛文铨当日两人之交代，种种不清可知矣。满保、黄国材在福建多年，诸事善于掩盖弥缝，或毛文铨被其所愚耳。至福建地处极边，米榖应作何贮备，着九卿会议具奏。寻议福建地处海滨，福、兴、泉、漳四府人多田少，皆仰给台湾之米；自严禁奸商贩米出境之后，民食常苦不足。雍正二年，奉旨饬发台湾仓榖每年碾米五万石运赴泉、漳平粜，今请再动正项钱粮，运米十万石存贮边海地方。至台湾商贩任许至福、泉等府贸易，其米船出入海口，设禁巡防，应令该督抚另行详议（以上东华录）。
是年，台湾水沙连社番骨宗等戕杀民命，总督高其倬遣台湾道吴昌祚、北路参将何勉讨之，寻擒贼正法（台湾旧志）。
六年（一七二八）正月，调朱纲为福建巡抚（东华录）。
七年（一七二九）二月，高其倬檄台湾道孙国玺、台湾镇王郡讨平山猪毛社番（台湾旧志）。
设福建观风整俗使一，从礼部右侍郎蔡世远请也。刘师恕补授内阁学士，为福建观风整俗使。
三月，高其倬遵旨题覆：原任台湾府凤山县知县萧震，向因命案迟延，经前抚臣题参革职。查萧震居官勤力，人亦朴直。但因伊父母年俱八十，时时思忆，精神渐减，以致办理不及从前，请革职留任。得旨：凡官员等有父母年高而补授略远地方者，经朕闻知，皆曲体其情，改用近地，使之便于迎养，或得音问时通。萧震既有八旬之父母，该督抚即应据实陈奏，俾得遂其私情，专心办理公事，方为大臣爱养人材之道；乃隐不奏闻，致罹削职，甚为屈抑。萧震着回籍省亲后来京赴部引见，朕再降谕旨。
命高其倬来京陛见，以史贻直署福建总督（以上东华录）。
八年（一七三○）七月，台湾地震；八月十日又震（东溟文后集）。
九年（一七三一）十二月，彰化大甲西社番林武力等聚众为乱，台湾镇吕瑞麟讨之（东溟文后集、台湾旧志）。
十年（一七三二）三月，凤山流民吴福生乘北路番变未靖，与商大概等谋抢陴头。总兵王郡遣游击李荣应援。福生等于二十八日夜焚冈山营，二十九日复焚旧社汛，四月三日夜聚攻陴头。王郡探知陴头贼炽，四月，留中营游击黄贵守府治，自率兵夜发。五日辰刻抵陴头，即与参将侯元勋等三路夹攻，自辰至未，战数合，贼大溃。越数日、福生、大概等三十余贼俱擒获，解省伏诛。六月，总督郝玉麟调吕瑞麟回府治，王郡升任福建陆路提督，讨大甲西社番林武力等，寻擒获正法。凡四阅月，北路平（同上）。
十三年（一七三五）十月，彰化柳树湳、登台庄生番肆出焚杀，副将靳光瀚、同知赵奇芳缉获眉加腊社番巴里鹤阿尉等正法（台湾旧志）。
台湾平后，雍正年间有请建城垣者。谕云：台湾非内地比，此次之易于收复，亦因贼无险可据；设有城垣，贼必负隅抗拒，更费兵力矣（郎潜纪闻二笔）。
——录自福建通纪卷十四。